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一、基于菌落特征及生化和血清学的检测
病灶细菌的分离培养一般分为以下几步进行：第一步是预增菌，即对细菌进行数量的扩增。第二步是选择性增菌，目的是提高目标菌的数量。第三步是对平板上肉眼可见的特征性菌落进行确认，并进行革兰氏染色观察细菌的形态；进行各种生化实验等作出初步地鉴定。不同种类细菌含有发酵不同糖（醇、苷）类的酶，因而对各种糖（醇、苷）类的代谢能力也有所不同，即使能分解某种糖（醇、苷）类，其代谢产物可因菌种而异。检查细菌对培养基中所含糖（醇、苷）降解后产酸或产酸产气的能力，可用以鉴定细菌种类。细菌可产生各种各样的酶，这些酶可以特异性地分解相关底物，使培养基呈现出某种颜色或在紫外线下发出荧光，因而，我们只需在培养基内加入人工合成底物，根据菌落的颜色和荧光的情况即可知道是何种细菌。一般情况，人工合成底物由显色基团和细菌可代谢物质如糖苷类、氨基酸或肽类两部分组成，通常情况下底物为无色。在特异性酶作用下游离出产色基团并产生荧光或显示一定颜色，用紫外灯观察菌落产生的荧光或直接观察菌落颜色即可对菌种做出鉴定。
二、基于抗原抗体结合的检测
细菌的内部和表面含有大量的抗原决定簇，因此可以利用抗体抗原的结合原理利用抗体标记细菌，然后用标记酶(如辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶等)与抗体结合，酶催化的呈色反应可以间接反映细菌的种类和数量。目前，很多重要的病原物均有相应的抗体，如抗HCV、抗HAV、梅毒抗体、抗HIV、优生优育TORCH系列等。该法具体程序为采用预先包被了的细菌单克隆抗体的微量塑料板，加入增菌液处理的样品，反应后再加入一定的指示剂，作用完毕后用酶标仪测定OD值来判定结果。因此，要得出可靠的结果，供试样品首先必须进行预增菌、选择性增菌，以便提高检出阳性率。此法除保留抗体、抗原反应的高度特异性外，由于标记酶的酶促反应的放大作用，使测定的灵敏度更高，检出细菌极限范围在105-106cfu／ml。
三、基于遗传物质的鉴定
1、聚合酶链式反应法
聚合酶链式反应英文简称PCR，是近年应用较为广泛的分子生物学检测技术，尤其适用于培养困难或传统的血清学方法不易检测的病原细菌。该法的原理是：地球上每种生物的遗传物质是不同的，聚合酶链式反应就是扩增生物中的特异性基因片段进而对生物进行鉴定的，例如沙门氏菌就有多个特异性基因，陈洪认为，编码细胞膜外膜含铁细胞受体的基因对沙门氏菌诊断有特异性；还有学者认为gyrA基因和rcsC基因之间的插入序列为伤寒沙门菌所特有，对伤寒有诊断意义，可以利用这些特异性的片段制作检测探针，目前，根据上述基因设计引物用于人体或自然界中细菌的检测，并形成了试剂盒作为商品销售。聚合酶链式反应需要的条件有引物、模板和四种脱氧核苷酸，反应过程包括高温变性、低温退火和延伸三个阶段，经25-30个循环，一个DNA分子就可扩增106以上。该技术由于其具备快速、高度的特异性和敏感性，可不用进行细菌的培养等特点。
2、扩增片段长度多态性方法
扩增片段长度多态性简称AFLP，是目前广泛应用的DNA指纹技术之一，AFLP通过PCR扩增基因组限制性酶切片段并进行电泳分析。具体步骤是先用限制性内切酶切割基因组DNA，接头序列和相邻的限制性位点序列作为引物结合位点，然后将双链接头连接到DN段的末端，进行电泳呈现不同的谱带。由于AFLP可以使某一个体出现特定的DNA谱带，而在另一个体中可能无此谱带产生，因此，得到的DN段多态性可作为一种分子标记指纹，为研究细菌属乃至株间的亲缘关系提供了有效手段。AFLP结合了RFLP和PCR技术特点，具有RFLP技术的可靠性和PCR技术的高效性，但该法不但成本较高，而且需要操作者具备较高的检验技术，目前一般医院尚难应用。
四、16sRNA鉴定法
不同原核生物的16srRNA古老且同源，既含有保守序列又有可变序列，保守性反映生物物种的亲缘关系，为系统发育提供线索；可变性则揭示生物物种的特征核酸序列，是种属鉴定的分子基础，其序列变化与进化距离相对应，在细菌种属分类鉴定中广泛应用。Edman等利用16srRNA技术将孢子病菌与其他38种真菌分子进化树进行比较，证实其为独立的一属。我国学者曾用16srRNA作探针，对来自贵州省不同地区、不同时间的209株伤寒菌进行核糖体分型(RT型)。结果显示，这些菌株分属于26个RT型，以RTl和RT2型为优势，提示贵州地区伤寒存在众多的克隆群，这可能是贵州省伤寒多年来发病率一直居高的原因。核糖体分型技术虽然特异性较强，敏感性也较高，不需要特定的仪器，但操作较繁杂，需要较熟练的技术。
五、小结
法大多都需要特殊的仪器设备和具有操作水平熟练的专业技术人员，实验成本也较高，所以只在少数大医院使用，这些医院的实验设备好，人员素质高的中心实验室使用。这些技术对于细菌的许多遗传学和分类学等方面的问题能给予更确定的答案，并通过检测种属特异性基因来检测标本中病原体的存在与否，能自动快速地对样本进行检测鉴定。对于临床病原细菌的鉴定首先要涂片进行革兰氏染色镜检，可以根据染色反应及形态特征，初步确定细菌的大致类型，对选择鉴定方法和合适的培养基具有指导意义。如正常无菌部位的标本通过染色镜检，只要检出细菌，即可诊断为感染类型，尽快为临床提供可靠的诊断依据。传统病原菌的分离鉴定较费时耗力，检测灵敏度差，虽然如此仍是临床医学细菌鉴定的主要途径，也是分子生物鉴定的基础条件。分子生物学技术不能显示微细菌的形态特征和生化特征等生存性以及是否存在感染的过程，反之，细菌的分离培养可以证实其生存性及细菌的形态特征和代谢产物等，同时病原细菌的分离培养是深入进行临床研究、药敏实验和流行病学的基础。