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一、动物防疫体系建设
1.加快防疫机构建设。
2003年，州党委、州人民政府出台了《关于开展“动物防疫体系建设年”活动的决定》，决定利用3年时间在州、县市、乡镇、村组建立健全动物防疫组织机构，重点是建立健全村级防疫点建设。按照“村聘、乡批、县核、站管”的原则，该州选拔了750名村级防疫员充实到基层防疫员队伍中，基本建成了州、县、乡、村四级动物防疫网络。
2.推进兽医体制改革。
2006年，该州率先在全疆推行了兽医体制改革，对州畜牧兽医局所属事业单位性质、编制、职能等进行了重新调整和认定。州、县市共设立8个畜牧兽医局、8个动物疾控中心、8个动物卫生监督所、5个动物疫情测报站、67个乡镇畜牧兽医站，实现了乡镇兽医站“人、财、物”三权归县管理，标志着该州兽医体制改革顺利完成。
3.不断完善软硬件建设。
结合国家动物防疫体系建设，采取项目支持和地方自筹的方式，先后申请各级动物防疫体系建设项目167个，累计完成建设资金3230.91万元，其中：中央投资1891.2万元，自治区投资445万元，地州配套363.5万元，县市配套资金441.77万元，乡镇自筹89.44万元。在开展硬件建设的同时，先后制定了《昌吉州乡镇兽医站管理办法》《昌吉州村级防疫员管理法》《动物检疫管理办法》等10余项制度，基本形成了用制度管站、用制度管事、用制度管人的良好运行机制。近年来，昌吉州广大兽医工作者严格落实国家、自治区动物疫病防控方针，扎实工作，取得了明显成效。该州连续4年被评为自治区兽医工作目标管理先进单位，连续4年未发生重大动物疫情，有效保障了畜牧业健康、持续、快速发展。该州基本建起了一个设备齐全，功能完善，手段先进，指挥灵活，反应快捷的动物防疫体系。
二、畜产品质量安全安全体系建设
为保障广大人民群众畜产品消费安全，在州人民政府的大力支持下，该州于2009年成立了昌吉州畜产品质量检测中心，配备了酶标仪、乳成分分析仪、SNAP检测仪等畜产品快速检测仪器及冰箱、冰柜、检测试纸等基础设施，该中心于2012年通过自治区质量技术监督局的质量认证。为扩大监测覆盖面，构建“横到边、纵到底、全覆盖”的检测网络，7县市均成立畜产品质量安全检测机构与县市动物疾控中心合署办公，67个乡镇兽医站均挂畜产品质量监管站牌，设立畜产品质量安全检测点230个，配合开展畜产品质量安全检测、监管工作。基本形成了州有检测中心、县市有检测站、乡镇有监管站、养殖场（村）有监测点的四级检测体系。2013年，昌吉州采取每月例行检测、季度监督检测和重点节假日检测相结合的办法加大对畜产品检测力度，全年共完成畜产品质量安全抽样32850批次。同时，深入开展了畜产品质量监管工作，重点对病死动物、动物产品无害化处理，兽药，生鲜乳收购、运输环节，养殖环节投入品使用等开展了专项整治，累计开展各类培训54次，培训人员1611人；开展各类宣传活动133次，受益人员65813人；开展监督执法检查共1101次，检查各类场所2897家次，整改不合格场所240家次；共查处各类案件139起，其中动物卫生监督案件90起，兽药案件45起，奶业案件3起，饲料案件1起，涉案金额23.62万元，罚款金额17.05万元，确保了动物及动物产品质量安全。
三、草原生态保护体系建设
该州行政区域内草原面积7308万亩，其中可利用面积6718万亩，天然草原面积占昌吉州土地总面积的2/3，天然草地不仅是昌吉州重要的畜牧业生产基地，也是该州乃至全疆重要的生态屏障。随着昌吉州畜牧业经济的快速发展，草原生态保护工作普遍引起了各级党委政府的高度重视，各地都采取了一系列积极措施，加强了草地生态保护建设工作，取得了很大成效。
1.实行禁牧休牧和划区轮牧制度。
结合草原生态保护补助奖励机制的实施，全州禁牧面积2030万亩、草畜平衡面积4688万亩，全州6718万亩可利用草原全部达到禁牧和草畜平衡。
2.采取“五宜两结合”定居模式推进牧民定居工作。截至2014年，全州累计实现标准化定居20539户，占牧民总户数的80.7%，提前一年完成“十二五”牧民定居任务，全州牧民基本实现定居。定居点基本做到了冷季舍饲，暖季放牧，减轻了天然草原载畜压力。
3.加大了草原保护建设投入力度。
该州先后实施了“天保”项目、围栏工程、退牧还草工程、无鼠害示范工程和飞播改良等天然草原保护与建设工程，共投入资金4亿多元，建成围栏草地2719.7万亩，项目区植被盖度平均提高了20%～30%，产草量增加了30%～50%。草原生态恶化趋势得到初步遏制，局部地区生态明显好转。
4.持续开展草原生物灾害防治。
人工招引粉红椋鸟、牧鸡牧鸭治蝗、招鹰灭鼠等鼠虫害天敌控制技术，印楝素、肉毒素等生物制剂防治技术得以大面积示范推广。在7县市按照“有鼠无害”的标准实施草地“无鼠害示范区”项目建设，建成无鼠害示范区1627万亩。近年来，每年蝗虫鼠害防治面积在500万亩左右。
5.加大人工饲草料基地建设，牧区经济结构调整取得新成效，综合生产能力进一步增强。
多年来，昌吉州认真贯彻落实国家、自治区的各项政策，充分利用国家奶牛良种补贴项目、人工种草补贴项目和自治州加快肉产业发展意见，积极推进牧区经济结构的战略性调整，推动了该州畜牧业生产及牧区经济的全面、健康发展。2013年该州人工饲草料种植面积已达到78万亩，其中优质饲草面积达到40万亩。
6.草原生态监测预警体系不断完善。
该州建成各类草原固定监测样地359个，建立健全州、县两级草原站，每个乡镇有草原监理员的监测监管体系。
四、畜牧业人才队伍建设及培训工作
近年来，昌吉州畜牧兽医局坚持“外引内调、先聘后招、多岗锻炼、快速成长”的十六字人才工作方针和“用事业聚集人才，用待遇留住人才，用感情尊重人才，用培养发展人才”的四用原则，有效统领了州直畜牧系统的人才工作，并在全系统上下形成了任人唯贤、知人善用的人才工作崭新格局。2007年以来，着眼于自治州率先实现“三化”的宏伟目标，认真研究和分析畜牧业发展所需人才的数量、素质和结构，制定了州直畜牧系统中长期人才规划和年度计划，并认真抓好落实。几年来，通过“先聘后招”和“绿色通道引进”等方式，先后招录和引进全日制硕士研究生18名，充实到局机关和业务站所，硕士研究生占州直畜牧系统干部职工的17%，基本形成了70、80的后备人才梯队，为自治州现代畜牧业跨越式发展储备了人才，打下了基础。同时，在州直畜牧系统内聘请畜牧、兽医、草原、畜牧业经济等方面的4位高级工程师为畜牧兽医局的首席专家，在自治区畜牧厅、畜科院等多家单位、科研院校聘请12名专家学者组成自治州畜牧业专家顾问组，形成自治州畜牧业发展的高级智囊团，真正构建起畜牧业人才队伍的“金字塔”。同时，为加快人才队伍成长，结合畜牧业发展趋势，该局不断创新培训方式，采取“走出去、请进来”的形式开展人才培训工作，联合清华大学、复旦大学等知名学府以及内蒙古畜牧培训中心等培训基地，建立疆外培训合作长效机制。与自治区畜牧厅、自治区畜科院、新疆农业大学、新疆农业职业技术学院及畜牧业龙头企业积极合作，按社会化办学的思路，不断加强畜牧业培训基地建设，建立了由新疆畜科院、新疆农业大学及新疆农业职业技术学院的专家学者和系统退休行业权威人士组成的师资库，始终保持了一定数量的高素质兼职教师队伍，多渠道、分层次开展各类培训。针对短期培训，该局依托畜综平台，开展远程教育，实现州、县、乡三级培训网络，扩大培训范围。仅2013年至今，直接投入170余万元开展各类培训，为培训工作提供基金保障。2014年，该局还积极申报国家外专局项目，将行业专业技术人员送往加拿大知名高校圭尔夫大学进行畜产品质量相关知识学习。通过各类各层次培训，有效提高了系统人才队伍的综合素质，为人才队伍的成长提供了良好的平台，同时为畜牧业的高效可持续发展奠定了基础。