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关键词：意义地位和作用主要问题完善管理
一、引言
合同管理作为建设工程项目管理的重要组成部分，已成为与质量管理、进度管理、成本管理并列的一大管理职能。合同管理中稍有失误即会导致工程亏本，承包商如何保证工程施工的顺利完成，争取更大的经济效益，变得越来越具有挑战性。根据国外经验，合同管理产生的经济效益往往大于技术优化产生的经济效益，因此施工企业应该加强合同管理。
二、加强建设工程合同管理的现实意义
(一)加强合同管理是市场经济的要求。
随着市场经济机制的发育和完善,政府管理部门使用合同来引导和管理建筑市场，顺应了政府转变职能，应用法律、法规和经济手段调节和管理市场的大趋势。而各建筑市场主体也必须依据市场规律要求，健全各项内部管理制度，其中非常重要的一项就是合同管理。
(二)规范建设各方行为的需要。
建筑工程项目合同界定了建设主体各方的基本权利与义务关系，是建设主体各方履行义务、享有权利的法律基础，同时也是正确处理建筑工程项目实施过程当中出现的各种争执与纠纷的法律依据。纵观目前我国建筑市场的经济活动及交易行为，所出现的诚信危机、不正当竞争多与建设主体法制观念淡薄及合同管理意识薄弱有关。加强合同管理，促使建设主体各方按照合同约定履行义务并处理所出现的争执与纠纷，才能促进建筑市场的健康稳定发展。
(三)建筑业迎接国际性竞争的需要
至今，我国建筑市场已全面开放，国外承包商进入我国建筑市场,从而引发种种问题，如盲目压价、压工期和要求垫支工程款以及我们不能及时适应国际市场规则，特别是对FIDIC条款的认识和和经验不足，这些来自国内外建筑企业的问题，严重冲击、挑战着我国的建筑行业。我国建筑行业想要与国际建筑齐头并进，就必须适应国际市场规则、遵循国际惯例；只有加强合同管理，建筑企业才有可能与国外建筑企业一争高下，才能赢得自己生存与发展的空间。
三、合同在建设项目管理中的地位和作用
（一）合同是工程项目管理的核心
合同确定工程项目的价格(成本)、工期和质量(功能)等目标，规定着合同双方责权利关系。合同作为工程项目管理的一个重要的组成部分，它必须融合于整个工程项目管理中。要实现工程项目的目标，必须对全部项目、项目实施的全过程和各个环节、项目的所有工程活动实施有效的合同管理，就必须要求政府管理部门转变职能，更多地运用法律、法规和经济手段调节和管理市场，而不是用行政命令干预市场；承包商也必须按照市场规律要求，健全和完善内部各项管理制度，所以合同管理必然是建设项目管理的核心。
（二）施工合同是承发包双方履行义务、享有权利的法律基础
为保证建设项目的顺利实施，通过明确承发包双方的职责、权利和义务，可以合理分摊承发包双方的责任风险，建设工程合同通常界定了承发包双方基本的权利义务关系。如发包方必须按时支付工程进度款，及时参加隐蔽工程验收和中间验收，及时组织工程竣工验收和办理竣工结算等。承包方则必须按施工图纸和批准的施工组织设计组织施工，向业主提供符合约定质量标准的建筑产品等。合同中明确约定的各项权利和义务是承发包双方的最高行为准则是双方履行义务、享有权利的法律基础。
（三）合同是处理建设项目实施过程中各种争执和纠纷的法律证据
合同在建设项目管理过程中正在发挥越来越重要的作用，通过对合同管理目标责任的分解，可以规范项目管理机构的内部职能，紧密围绕合同条款开展项目管理工作。任何一个建设项目的实施，都是通过签订一系列的合同来实现的。通过对承包内容、范围、价款、工期和质量标准等合同条款的制订和履行，业主和承包商可以在合同环境下调控建设项目的运行状态。通过对合同管理目标责任的分解，可以规范项目管理机构的内部职能，紧密围绕合同条款开展项目管理工作。建设项目由于建设周期长、合同金额大、参建单位众多等特点，在合同履行过程中，业主与承包商之间、不同承包商之间、承包商与分包商之间以及业主与材料供应商之间不可避免地产生各种争执和纠纷。而调节这些争执和纠纷的主要尺度和依据应是承发包双方在合同中事先作出的各种约定和承诺，所以，合同是处理建设项目实施过程中各种争执和纠纷的法律依据。
四、目前建设施工合同管理中存在的主要问题
（一）合同双方法律意识淡薄
在合同的签订阶段以及签订后的履行过程中，施工企业法律风险防范意识淡薄，合同管理把关不严经常导致重大法律纠纷产生；合同当事人的合同履约意识淡漠，缺乏专业合同管理人才，施工合同履约程度低,违约现象严重。有些工程合同的签约双方都不认真履行合同，随意修改合同内容，或违背合同规定。主要表现在合同签订阶段和合同履行阶段。在合同签订阶段的问题主要有：合同主体不当；合同文字不严谨；合同条款挂一漏万；违反法律法规签订无效合同等。在合同履行阶段的问题主要有：应变更合同的没有变更；应当发出的书函（会议纪要）没有发出或发出不规范；应签证确认的没有办理签证确认；应当追究的错过了诉讼时效；应当行使的权力没有行使；应当重视证据（资料）的法律效力的却没有得到足够的重视。法律风险防范意识淡薄给施工企业带来了巨大的经济损失，而发生损失时由于法律意识差往往又不能通过合理有效的途径挽回损失。
（二）不重视合同管理体系和制度建设
施工企业不重视合同管理体系和制度的建设，合同管理比较混乱。合同管理存在着明显的缺陷：一是建筑企业合同管理责任主体错位，合同履行主体分工不明确，把项目部或项目经理作为合同责任主体，而企业法人则远离合同管理，造成企业法人对合同管理弱化。二是建筑企业法人合同管理部门与项目部合同管理部门工作脱节。企业法人合同管理部门对项目部合同管理部门缺乏业务指导，项目部不能及时反馈合同履行中的信息，使企业合同履行中的关键问题缺乏合同专家讲解，造成项目合同管理出现漏洞无法弥补。三是企业缺乏一套严谨的合同管理制度，合同归口管理、分级管理和授权管理机制不健全，对合同的审核、签订、履行、变更、中止或终止、解除及合同的监督考核全过程缺少必要的审查和评估步骤，未能实现系统化、规范化和科学化管理。四是有的施工企业合同管理程序不明确，该履行的手续不履行，签约随意性大，对合同审查、把关不够，权限设置混乱，缺乏对合同管理的有效监督和控制。
（三）专业人才的缺乏产生的影响
合同管理是一项高智力型的工作，它是全局性、专业性、技术性和法律性很强的极其复杂的管理工作，对合同管理人员的素质要求很高。合同管理人员需要有一定的专业技术知识、法律知识和造价管理知识。目前施工企业合同管理专业人才的缺乏成为影响建设项目合同管理效果的一个重要因素。目前中小型建筑企业从事建设工程项目合同管理的人员，大多数是非专业出身，往往都是由经营部的一般经营人员担任，也有的是刚走出校门的大学生，对合同管理认识不足，业务水平较低。
（四）不重视合同归档的管理
对合同归档管理重视不够，管理信息化程度不高，合同管理手段落后。一些施工企业合同管理仍处于分散管理状态，合同的归档程序、要求没有明确规定。合同履行过程中没有严格监督机制，合同履行后没有全面评估和总结。
五、完善建筑工程施工合同管理的建议
（一）加强对承包商的资质管理
在加强对承包商的资质管理上，我国可以借鉴香港地区和新加坡的做法。制订承包商违规扣分准则，规定若承包商在投标中出现违规行为，有关管理部门进行相应的扣分，当扣分达到一定的数值时，就对其降级或除名。其次，结合建筑产品质量进行资质管理，可对承包商的建设业绩进行打分管理。通过严把建筑承包商资质管理关,从总量上控制建筑施工队伍的规模,解决目前建筑市场上供求失衡与过度竞争问题,从根本上杜绝压级压价。同时，各级建设行政主管部门要加强对承包商参与市场行为的监督管理，对承包商的违法行为要严肃处理，维护正常的建设市场环境，确保建筑市场的规范、健康发展。
（二）加强工程招投标管理
一是加大小型工程纳入招投标中心管理的力度。将小型建设工程统一纳入招投标中心管理，实行严格监督、严格管理。二是加强对投标单位资格的审查工作。实行分级审核制，重点加强对投标单位经营实绩的考察，杜绝挂靠投标现象。三是严格控制工程成本。采取最低合理价中标和以批准的工程概算扣适当下浮额确定招标标底等手段控制成本，对工程进行后期监督、严格把关，切实降低工程建设成本。四是公开招投标程序。及时工程建设相关信息，公开招投标内容和程序，确保招投标工作公开、公平、公正。
（三）借鉴国际经验,推行适用于市场经济的合同示范文本
随着我国加入WTO，建筑市场同样面临对外开放问题，在工程管理的许多方面要与国际惯例接轨。同纠纷控制在最低范围内，以保证合同的全面履行。因此，在合同管理方面，要不断借鉴国际先进经验，以加速建立和完善市场经济需求的合同管理模式。新的建设工程施工合同示范文本，很大程度地参考了文本格式，较以往合同文本有较大的改进，有利于促进建筑市场的发展，应该严格执行。
（四）提高合同管理人员素质，推行人员持证上岗制度
提高合同管理人员素质是企业合同管理的首要任务，合同管理人员首先必须是优秀的工程技术人员，同时还必须熟练掌握和运用各种法律、法规；精通合同业务，熟悉合同履行和工程索赔管理。施工企业应重点培养有应变能力、坚持原则、知识面宽广的工程技术人员担任合同管理工作。同时，推行合同管理人员持证上岗制度，因为目前我国己正式推行注册造价工程师制度，造价工程师的一项重要职责就是搞好建设项目的投资控制和合同管理。因此，建议在建设项目管理机构中设置注册造价工程师岗位，专司合同管理职责。
（五）加大合同管理力度,保证施工合同全面履约
为保证施工合同全面履行,建设行政管理部门应把施工合同管理工作列为整顿规范市场工作的重要内容。在项目建设中抓好各目标的事前、事中、事后控制，特别是事前控制。对签订的各项条款必须牢记，找合同履行中可能出现的薄弱环节，对资金不到位的项目不予办理工程报建手续,不得组织招投标,建设行政主管部门不予办理施工许可，并根据法律、法规和合同的规定加以解决，以提高合同的履约率。整个合同履行的控制过程按策划、实施、检查、改进PDCA循环方法行，从而达到有效的管理控制、全面地履约合同，从而保证项目目标的实现。
（六）加强合同法律意识,减少合同纠纷产生
承包商由于缺乏法律和合同意识,在签订合同时，一经签订，即成为约束合同双方的最严格的法律文件，合同中的每一条都与双方利害相关。建筑施工企业在签订合同时，如对其中合同条款未做详细推敲和认真约定，特别是对违约责任、违约条件未做具体约定，即草率签订，则容易导致工程合同纠纷的产生。另外，在施工过程中可能产生的一切问题都应明确具体地以书面形式规定，不要进行口头承诺和保证。因此，在签订合同过程中，合同主体要对合同合法性、严密性进行审查，减少签订合同时产生纠纷因素，把合同纠纷控制在最低范围内，以保证合同的全面履行以及工程结算的顺利开展。
（七）加强合同管理体系和制度建设
《合同法》是建国以来，特别是开放改革以来，合同管理经验教训的总结，又是合同理论的实际运用。分则第十六章对建设工程合同，作出了专门的法律规定，更有利于我们建筑施工企业规范自己的合同管理，维护企业的合法权益。建筑施工企业要想把合同管理全过程的每个环节，建立起具体的可操作的制度及合同管理体系，使合同管理有章可循。这些环节包括：合同的洽谈、草拟、评审、签订、下达、交底、学习、责任分解、履约跟踪、变更、中止、解除、终止等。同时，建筑施工企业各层次都应有自己的合同管理体系。在加强合同管理体系的同时，必须根据我国的《合同法》和相关的法规，以及企业的实际情况把《合同法》的大多数有利于建筑企业合同管理的法律条文纳入企业合同管理体系之中。
（八）加强施工合同索赔管理工作
在工程施工承包中，索赔是承包商要求补偿损失的正当方式，是维护当事人合法利益的一项根本性措施，通过索赔能使承包商在合同实施中的风险得到合理的再分配，使施工合同中的风险分担程度更趋于合理化。因此，承包商在加强施工合同管理的同时，还应做好合同资料和相关的工程技术资料的收集、整理和归档工作。这些工作，不仅是工程竣工验收的需要，而且也是承包商执行合同，处理变更和申请索赔时所需的有力依据。
（九）加强合同及相关文件归档管理工作
合同文本及相关资料均属重要的法律文件,应加强合同及相关文件归档管理工作。合同的编号、登记、整理、分类、归档、保存、保管配备专人管理以便复查,为确保合同的顺利履行创造条件。建设项目建设周期长,专业多,交叉施工复杂,在项目结算时很多争议问题需依据签证、会议纪要等相关资料予以解决。通过建立合同管理制度,做到管理层次清楚,职责分明、程序规范,从而使合同一系列管理工作处在有效的控制状态。为此，做好资料归档工作决不是简单的文档管理问题，应专人负责，负责到底。另外，要加快合同管理信息化步伐，及时应用先进管理手段，改善合同管理条件，不断提高管理水平。
参考文献：
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关键词：经济新常态；民办高校；科研经费
基金项目：湖南省教育科学民办高等教育研究基地
中图分类号：G647 文献标识码：A
收录日期：2016年5月8日
2014年在APEC会议上对中国经济新常态进行了全面阐述和解读，其重要特征即从要素驱动、投资驱动转向创新驱动，以推动经济结构升级，保证经济持续平稳健康的增长。通过改革和创新带领中国经济走过激流险滩，这是攸关中国经济前途和命运的选择。在演讲中指出：“如果说创新是中国发展的新引擎，那么改革就是必不可少的点火器。”肯定了创新对于中国经济转型的重大意义，对于各界正确理解和把握经济新常态下中国经济面临的机遇、挑战及如何在战略上应对，无疑具有极其重要的意义。
创新驱动就要求作为我国应用型大学的民办高校，一方面要肩负着培养创新应用型人才和技能型人才的重担；另一方面必须依托其在应用和技能教育的优势推动创新的应用研究，如此才能形成与公办高校既互补又互相促进的创新源泉，建构一个更加开放的科研体系和创新格局。近十几年，我国民办高校在办学规模、办学层次、办学水平上都有长足的发展，民办高校不断提升对科学研究的重视程度，民办高校承担的科研项目和取得的科研经费也快速增长，但是科研的投入总量比较低下，科研的质量不高，科研的应用型研究不足，伴随着民办高校科研经费来源渠道的多元化，在科研经费管理过程中出现的问题也日益增多，民办高校科研经费快速增长与民办高校科研经费管理滞后之间的矛盾日趋尖锐。因此，提高民办高校科研经费的管理水平迫在眉睫。
一、民办高校科研经费管理现状
（一）民办高校科研经费主要来源渠道。目前，湖南地区的民办高校科研经费主要由科研经费拨款和其他科研收入两部分组成。科研经费拨款是指民办高校从各级财政获得的专项和非专项科研经费拨款，是国家有关部委、省市有关厅局、研究院所等部门下达的科研项目经费拨款，按照来源的不同，分为中央科研经费拨款、地方科研经费拨款及其他科研经费拨款三大类。其中，其他科研经费拨款包括国家自然科学基金、部委拨款、博士后经费、合同类纵向科研经费。其他科研收入是指民办高校通过开展科研及相关活动多渠道争取科研项目所取得的收入，主要包括科技咨询服务收入、科技开发与协作收入、科技成果转让收入等。
以湖南某民办高校为例，该校2011年科研经费收入约146万元，其中地方科研经费拨款140万元，约占总收入的96%；其他科研收入6万元，占总收入的4%。可以看出，该校科研经费绝大部分来源于科研经费拨款，少部分来源于其他科研收入，其经费收入结构如图1所示。（图1）
从图2可以看出，随着民办高校对科研工作的重视，该民办高校近三年的科研经费收入呈逐年增长的趋势。科学研究项目逐渐增多，学校科研经费收入持续增长，为了使学校的科研资金获得最大的使用效益，加强科研经费管理显得尤为重要。（图2）
（二）科研经费管理相关制度。民办高校的科研工作起步较晚，科研经费管理的相关制度大多数是参照国家相关规定执行，如《国家社会科学基金项目经费管理办法》、《国家自然科学基金项目资助经费管理办法》、《湖南省社会科学基金项目经费管理办法》、《湖南省自然科学基金项目经费管理办法》、《湖南省高等学校重点学科建设经费管理办法》等。以湖南地区的某民办高校为例，该校根据教财[2012]7号文精神，对科研经费管理实行三级管理体制。学校是科研经费管理的责任主体，校长对科研经费管理承担领导责任，分管校领导负直接领导责任。科研部门负责科研项目管理和合同管理，并配合财务部门做好经费管理的有关工作；学校财务部门负责科研经费的财务管理和会计核算，指导项目负责人编制项目经费预算，审查项目决算，监督、指导项目负责人按照项目立项书或合同约定，以及有关财经法规在其权限范围内使用科研经费。各二级科研机构是科研活动的基层管理单位，对本单位科研经费的使用承担监管责任，监督预算执行，督促项目进度。
该民办高校科研经费管理模式是按照部门职能为主划分，科研管理部门负责项目的申报立项、合同管理以及联系科研项目经费的下拨等工作，财务部门负责科研经费的日常收支核算工作。科研项目立项前，由科研管理部门宣传、发动教职员工申报，然后按照申报项目的要求进行严格审查，申报人选定研究项目后，科研管理部门协助其完成申报程序；待项目批准立项后，由主管部门将科研经费拨至学校财务管理部门，再由财务管理部门按照资金来源的不同划分至不同的项目类别中。项目负责人负责控制科研课题经费的支出，财务部门按照国家相关的管理办法核算管理。（图3）
二、民办高校科研经费管理存在的问题
（一）经费管理部门职责缺失。在民办高校中，科研经费的管理涉及众多部门，如科研、财务和资产等。科研部门熟悉科研活动的特点和过程，对科研经费合理、规范使用提供宏观性的指导；财务部门熟悉财务制度和标准，对科研经费的报账和核算业务提供具体的指导；资产部门熟悉固定资产管理的操作和程序，对科研研究相关资产的报批、购买、管理和维护提供指导及服务。理论上来说，这种管理结构的设置是非常合理的，既保证了各管理部门各自负责业务的开展，又保证了各管理部门优势互补，合理配置管理资源，形成对科研经费的协作管理。但在实际工作中，由于责权不清、分工不明、沟通渠道不畅、制度互不兼容、缺乏联合监督等原因，各管理机构之间难以对科研经费管理合力监督，导致科研经费的多头管理，出现各个部门各自为政，遇事相互推诿的现实状况，阻碍了科研经费的合理使用和有效的监管。
（二）经费预算与经费实际使用存在差异。在当前的经费管理体制中，项目资助机构负责论证、审核科研经费的预算，而科研经费的报账审核工作却是由本校的财务部门承担，由于财务部门，特别是民办高校的财务部门，对于科研活动的特点和规律缺乏认识，不了解科研经费具体支出的范围、内容和标准，只能按照一般支出的标准进行核算，使得违反科研预算支出的情况时有发生，经费监管严重失效。
科研项目和经费主要靠学校科研管理部门和科研人员去争取，因此很多人偏激地认为科研经费是科研人员争取来的，经费的所有权理应属于项目组，学校无须过问或过多干涉。目前，项目申报时的预算都是由项目组预测编制，极少有民办高校财务部门参与项目申报之初的预算编制，导致项目经费预算缺乏科学性，根据主观意愿随意划分经费，经费预算不科学。即便是经过经费预算的项目，也由于申请者对相关设备等投入情况不熟悉，只是大概估计，因此二者之间有一定的出入。另外，民办高校财务部门在实际核算的过程中，仅能审核对每一笔业务的合法性与合规性，由于不了解整个项目预算中的各类支出比例，无法对经费使用的正确性和合理性进行有效的监督。对项目总支出进行分析，发现差旅费、劳务费的支出占了大多数，而设备费、测试化验加工费等费用几乎没有，日常核算未能按照项目申请预算计划控制开支范围和标准，使得科研支出结构不优化。
受各种客观因素的影响，民办高校的科研经费大部分来源于纵向项目。以某民办高校某社科基金项目为例分析，它是2010年申请并批准立项，并分两次拨款合计60，000元，其2010～2012年三年的实际支出如表1所示。（表1）
从表1中可以看出，该科研项目支出中劳务费所占比例最大，约为29%，其次是差旅费，占到27%，而资料费才占5%，论文版面费仅占6%，该项目支出结构显然不合理，真正用在科研业务方面的支出很少，明显违背国家投入科研经费的本意，而这种情况并非个例，是民办高校科研经费管理中普遍存在的一种现象。科研项目的研究业务费用所占比例偏低，而一些差旅费、劳务费等支出数额巨大，造成了科研经费的严重浪费，大大降低了科研经费的使用效率。
（三）经费的过程管理缺乏有效控制。民办高校中，项目负责人除了极少数人有科研经费管理的意识外，绝大部分人对于项目经费管理没有经验，使用经费没有计划，不按预算方案执行预算，想怎样用就怎样用，常出现经费前紧后松或前松后紧的情况，有的项目因为经费的问题达不到预期成果，有的研究已完成经费却结余很多。与此同时，由于财务部门和科研部门缺乏沟通，无法将经费使用的进度和项目的研究进度相结合，按照项目申报书上的预算来控制支出，导致实际开支与预算、决算不相符。
以某教科规划项目为例，其总经费为10，000元，分两年拨付，研究年限为2011～2013年，在申报书上的预算是第一年6，000元，第二年2，000元，第三年2，000元，但是其实际的经费使用却远远偏离它的年度经费使用计划。项目研究的第一年即2011年，受客观因素的影响，第一批经费下拨较晚，使得实际经费支出为1，500元，与计划的6，000元相差4，500元，而后两年经费明显也未按照年度经费使用计划的进度开支，均有不同程度的波动。表面上看，实际经费使用进度未按计划进行，追根溯源不难发现，该民办高校的科研经费管理模式不完善，财务部门仅对局部的经费支出进行核算，而没有一个完整的预算、核算管理体系来控制整个项目的支出。这直接造成了项目经费的使用进度与项目的实施进度不符，同时也导致不少项目结题几年但是却不结账现象的产生。目前，很多高校都存在着科研项目结题不结账的问题，例子中提到的民办高校也不例外。仅2013年的项目结题45项，其中就有一半以上仍有经费结余账面，在这一半以上有结余的项目里，其结余程度也不同，如图4所示。（图4）
从图4中可以看出，在45个项目中，6个项目结余额在项目经费的0～10%，8个项目结余额在项目经费的10%～20%，3个项目结余额在项目经费的20%～30%，7个项目结余额在30%以上，这充分说明了该民办高校的科研项目结题但经费结余的现象很严重。科研经费管理模式存在缺陷，项目预算不细化、管理不科学，造成项目预算不准确，支出的弹性较大，为科研项目结题不结账提供了可能。相关管理部门工作未协调好，也是导致结题不结账的重要原因。这些客观存在的因素，使得有效的科研经费无法最大限度地被利用，为违纪违规问题的滋生提供了条件。
（四）资产管理和使用状况混乱。民办高校资产管理体制不完善，很多学校采购计划、资金安排和资产管理分属财务、资产、采购等部门，由于各部门责任划分不清晰，管理体制存在缺陷，很多项目在没有经过充分论证的情况下，重复购置了大量的科研仪器设备，这不仅占用了大量科研资金，浪费了有限的科研资源，影响了资产的使用效率，还增加了学校的运行成本。
科研资产是学校资产的一部分，本应由资产管理部门负责资产的购置和日常的维护管理。但是，目前很多民办高校的资产管理部门对科研资产的管理流于形式，仅对科研资产进行登记、报账、报废和注销等手续，没有真正履行资产监管和维护的职能，具体表现为：资产审批过于宽松，人为损坏严重；资产日常疏于管理，小故障不断，使用寿命大大缩短。另外，民办高校科研活动中无形资产本来就比较少，现行的财务制度中几乎没有涉及到对无形资产管理的具体规定，对于科研活动中购置的无形资产、科研成果形成的专利权、软件、版权等管理缺失，以致浪费、被侵权现象严重。
三、结论及建议
（一）健全科研经费管理体制
1、完善科研经费管理制度。民办高校务必要综合分析国家政策、法律法规，把握科学研究的前沿动态，遵循科研活动的客观规律，制定适合民办高校特点的、高效的科研经费管理制度。制度制定要广泛征集科研人员、管理人员、权威专家的意见，通过相互协商、反复讨论、共同论证而制定。制度要包括科研经费管理所涉及到的每一个方面，细化适合各种学科类别的管理办法和条例，要明确不同身份人员的权利和义务，要公开、公平、公正，要用统一的标准衡量所有科研人员的经费使用行为，杜绝出现违反制度的个别或特例现象发生。
2、实行矩阵制科研管理组织结构。民办高校科研管理组织结构模式可以借鉴美国物理学教授F・茨维基发明的一种通过建立系统结构来解决问题的创新办法，名为“矩阵管理法”。这种管理法依照科学研究的需要自由组合研究人员，以学校科研管理部门为协调枢纽，提供研究的财力、设备等，满足研究的条件；横向以课题为中心，纵向以各院、所有有关研究人员为元素，为项目的解决而组成的跨学科研究小组或攻关小组，实现跨领域、跨学科、跨部门的研究结合，在学科的交集上利用网络技术实现研究的创新。（图5）
在矩阵结构图中，纵向为行政流，横向为学术流。纵向的行政流在提供好的服务、发挥管理职能的基础上，尽可能地为研究活动提供较好的研究环境。横向的学术流在保证研究目标的基础上，体现知识创新。这在一定程度上促进了知识的创新，保证了人才的培养，学科之间的交叉渗透及与外部的交流，保证了科研管理职能的发挥。
（二）加大科研经费预算控制力度。民办高校要制定与学校实际情况相符的预算控制办法，将预算控制与各部门的经济责任制相融合，明确学校科研部门、财务部门及项目负责人在科研经费使用与管理中的职责和权限，做到各尽其责、协调合作，共同做好科研经费管理工作。
财务部门负责科研经费的财务管理和会计核算，为项目负责人编制项目经费预算提供咨询，审核科研项目决算，监督、指导项目负责人按照项目申报书上的预算以及国家相关规定使用科研经费。科研部门配合财务部门对项目经费进行合理、合法、合规审定。项目负责人按项目研究情况编制项目预算，按相关规定使用科研经费；配合有关部门的检查、监督，按要求及时办理科研项目结题及结账手续，对科研经费使用的合法性、合规性、合理性承担责任。项目组研究发生的各种开支由项目负责人审批后，报所在部门负责人审批。学校与其他单位合作的科研项目经费转拨，需向科研部门、财务部门提供科研项目的立项文件、经费文件、合作协议等相关资料，由科研部门和财务部门共同审批、办理，流程如图6所示。（图6）
（三）建立科研经费绩效考核机制。民办高校应根据学校本身特点，依据规范与灵活相结合的原则，改变粗放式的管理模式，按照科研项目的具体规划，对科研经费实行细化管理，区别对待不同类别的科研经费。所列出的科研经费类别必须要做到合理、精简，对于不合理的分类，或合并或修改或取消，杜绝冗余的科目出现在项目预算中。必须依据科学研究项目的实际情况合理开支科研经费，避免研究人员违规使用或挪作他用。与此同时，科研经费管理部门要建立行之有效的绩效评估机制，对项目经济效益与利益及社会反响进行综合考核、评价。这能有效防止少数人员浑水摸鱼，又能激励实实在在从事科研工作的研究人员，还能有效吸引更多的投资，做到提高项目管理水平以及项目社会经济效益的双赢。
（四）加强科研结余经费管理。当前，民办高校科研经费增长过快，导致了科研经费结算的困难，引起了资金沉淀，严重影响了项目经费的使用效率。科研结余经费已经引起了各方面的重视，教育部、财政部联合发文要求各高校应根据实际情况，拟定本校科研经费结账管理办法，规定项目结账时间和结余经费的用途，对科研项目结余经费加强管理。
民办高校应在深入分析科研结余经费产生原因的基础上，找出科研经费节余的真正原因，对不同原因形成的结余采取不同的管理办法，及时处理结余经费，避免长期挂账，引起科研资源浪费。不管采取哪种经费结余的管理措施，都必须遵循上级主管部门的经费管理办法，不得与之相违背。如，在自然科学基金项目中，对于研究完成后仍有结余科研经费的，结余经费可在受托单位的自然科学研究或部分应用研究方面继续使用。在社会科学基金项目中，项目负责人有权对为完成项目研究做出贡献的研究人员以结余经费的40%进行奖励，但此数额不得超过总经费的10%，奖励可以以劳务报酬的形式发放。剩余的部分经费结余可首先用作出版该项目最终成果的补贴。扣除以上两项外的结余经费，可继续作为本单位的科研经费，项目负责人和项目参与人员可优先使用。除此之外，在其他项目合同中，对结余经费的处理较少提及。
民办高校可以通过科研经费管理体系进一步完善科研管理体制，从预算上保证人员费用，如研究人员工资、津贴等，细化项目经费预算，制定科学、准确的经费使用计划，从根源上避免已结题项目有大量资金结余现象的产生，保证项目结账工作的实效性和规范化，使经费下拨部门准确地掌握科研经费的开支情况，避免盲目投入。
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