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基因多态性分析的意义范文1
福建省闽东卫生学校 福建省福安市 355000
【摘 要】目的：用Meta 分析评价NQO1 基因C609T 多态性与结直肠癌易感性关系。方法：检索知网、万方等数据库，收集符合要求的文献，计算合计的OR 值及95% 可信区间，并评估发表偏倚。结果：杂合基因型CT 和突变纯合基因型TT 均增加结直肠癌的发病风险。亚洲人携带CT 和TT 基因型是结直肠癌的危险因素；以医院为基础的病例对照研究中携带CT 和TT 基因型是结直肠癌的危险因素。结论：携带CT 和TT 基因型个体发生结直肠癌的风险增高。
关键词 NQO1；基因多态性；结直肠癌；Meta 分析
结直肠癌是全世界范围内十分常见的恶性肿瘤之一，近年结直肠癌发病率和死亡率上升。流行病学研究的报道结果不一致[1]。本文对既往研究结果分析, 评价NQO01 基因多态性与结直肠癌的相关性。
1 资料与方法
1.1 文献检索
检索知网、万方等数据库，收集2000年-2014 年发表的有关研究。检索
关键词 ：NQO1、结直肠癌、case-control study，colorectal neoplasm。
1.2 纳入标准
1.2014 年前发表的研究；2. 病例均经病理证实为结直肠癌；3. 提供的数据完整，有校正OR 值及95 % CI。
1.3 数据提取
阅读筛选文献，根据标准，摘录相关数据。由两名评价员独立完成，意见不同者通过讨论或第三方研究者协助解决。
1.4 统计学方法
应用统计分析，根据结果是否有显著异质性，选择固定效应模型或随机效应模型，并分层分析探讨异质性来源。同时评估发表偏倚。
2 结果
2.1 入选文献基本资料
有10 篇文章被纳入研究，均以医院为基础的病例对照研究, 其中病例组纳入5960 例患者，对照组纳入3830 例非患者，资料如表1。
2.2 Meta 分析
异质性检验说明10 篇文献存在中等强度的异质性, 故采用随机效应模型。与野生基因型相比较，其他基因型均增加结直肠癌的发病风险，差异具有统计学意义。
2.2.2 分层分析
按研究设计类型分析，结果如表2。
2.2.3 发表偏倚估计
从检验结果上看：不认为存在发表偏倚。
3 讨论
与野生纯合基因型CC 相比，杂合基因型CT 和突变纯合基因型TT 均增加结直肠癌的发病风险。分层分析显示，亚洲人携带CT 和TT 基因型是结直肠癌的危险因素；以医院为基础的病例对照研究携带CT和TT 基因型是结直肠癌的危险因素。可能原因为研究对象来源于不同国家，亚洲不同种族的基因多态分布频率不同[2]。中国汉族人群突变频率最高, 亚洲国家不同种族人群其发病率也存在较大差异[3]。
研究仍有不足：
（1）数据来自发表文献；采用的为校正OR 值。
（2）未获得中英文以外的文献。
基因多态性分析的意义范文2
1对象与方法
1．1TaqMan探针荧光定量PCR分型技术按照TaqMan探针试剂盒(上海天昊公司)说明书操作，检测CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A位点多态性。PCR反应体系为6μL，包括Mastermix3μL，TaqMan探针(40×)0．05μL，模板DNA2μL，灭菌ddH2O补足至6μL。循环参数:95℃预变性10min;95℃10s，65～55℃15s(每个循环下降0．5℃)，60℃15s，共20个循环;95℃10s，60℃30s，共25个循环;从60℃开始以0．06℃/s缓慢升温到61℃，用7500荧光定量PCR仪及自带软件(ABI公司)进行熔解曲线分析并判读野生纯合子、突变纯合子和杂合子。
1．2DNA测序PCR扩增反应体系为10μL，包括10×PCR缓冲液1．0μL，上、下游引物各1．0μL，模板DNA1．0μL，0．2UTaqDNA聚合酶，用灭菌ddH2O补足至10μL。循环参数:95℃预变性10min;95℃15s，60℃60s，72℃45s，共40个循环;72℃延伸5min。PCR产物经虾碱酶(SAP，Promega公司)和外切核酸酶Ⅰ(ExoⅠ，Epicentre公司)纯化后用ABI3130测序仪(ABI公司)测序。SNP分型用GeneMapper4．0软件(AppliedBiosystems公司)进行分析。
1．3统计学分析用SPSS11．5统计软件进行。基因型和等位基因频率用直接计数法计算，各组间基因型及等位基因频率比较用χ2检验，以P＜0．05为有统计学意义。
2结果
2．1CR1基因型检测结果经TaqMan探针实时荧光PCR检测，CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A位点多态性的SNP分型结果显示，rs2296160C/T位点检测到CC、CT和TT3种基因型;rs2274567G/A和rs4844600G/A位点均检测到GG、GA和AA3种基因型;DNA基因测序进一步证实本实验结果。见图1。
2．2CR1基因多态性在广西百色地区壮族健康人群中的分布计算本研究对象中CR1基因型和等位基因频率，经χ2检验，CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A位点的基因型及等位基因频率均符合Hardy-Weinberg遗传平衡(P＞0．05)，说明所选的研究样本具有群体代表性(表1)。其中rs2296160C/T位点基因型以CC型和CT型最为常见，其等位基因以C型频率最高，占67．3%;rs2274567G/A位点基因型以GA型多见，其次为AA型和GG型，其等位基因以A型频率最高，占53．1%;rs4844600G/A位点基因型以GA型多见，占47．9%，其等位基因以G型频率最高，占61．6%。CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A3种多态性基因型频率在男、女性别间差异无统计学意义(P=0．591、0．293和0．525);而等位基因频率在男、女间差异亦无统计学意义(P=0．310、0．122和0．268)。表明广西百色地区壮族人群中CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A位点存在多态性，而这种多态性的基因型或者等位基因频率在男、女性别间比较差异无统计学意义(P＞0．05)。见表1。
2．3CR1基因多态性在不同种族人群间的比较广西壮族人群CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A多态性分布频率与人类基因组计划(www．ncbi．nlm．nih．gov/projects/SNP/)公布4个人群(欧洲人、非洲人、日本人和北京人)的SNP分型数据进行比较，结果显示CR1基因rs2296160C/T多态性的基因型与欧洲人、非洲人、日本人和北京人比较，P分别为0．018、0．000、0．582和0．767，而等位基因的分布频率在与欧洲人、非洲人、日本人和北京人群比较，P分别为0．015、0．000、0．408和0．475;CR1基因rs2274567G/A多态性的基因型频率与欧洲人、非洲人、日本人和北京人群比较，P分别为0．000、0．000、0．264和0．433，而等位基因的分布频率与欧洲人、非洲人、日本人和北京人群比较，P分别为0．000、0．000、0．323和0．219;CR1基因rs4844600G/A多态性的基因型频率与欧洲人、非洲人、日本人和北京人群比较，P分别为0．000、0．000、0．153和0．409，而等位基因的分布频率与欧洲人、非洲人、日本人和北京人群比较，P分别为0．000、0．000、0．054和0．245。广西壮族人群CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A3种多态性基因型和等位基因的分布频率与欧洲人和非洲人群比较差异有统计学意义(P＜0．05)，而与日本人、北京人群比较差异无统计学意义(P＞0．05)。见表2、3、4。
3讨论
红细胞CR1是补体受体家族中的重要一员，具有广泛的生物学功能，包括分子识别、黏附和贮存抗原、抑制补体的激活、清除循环血中免疫复合物、免疫调理吞噬等多种生物学效应。不同疾病情况下，机体红细胞CR1数量及活性存在不同程度的变化，其基因多态性分布与不同疾病的易感性存在密切相关。CR1基因位于1号染色体长臂上，CR1基因存在多个位点的SNP，这种基因多态性与疟疾、阿耳茨海默病、大脑淀粉样血管病、胆囊癌、冠状动脉疾病、特发性肺纤维化、肉状瘤病等疾病的相关性已成为国内外学者研究的热点。因此，正确分析和阐明CR1基因多态性在不同种族和地域人群中的分布特点，能为其在不同人群中与某些疾病发生、发展间的关系提供分子遗传学基础。
本研究用TaqMan探针荧光定量PCR分型技术和DNA测序法检测广西壮族人的CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A位点多态性的分布情况，结果显示，在所观察的人群中，rs2296160C/T位点表现出CC、CT和TT3种基因型，以CC型(44．9%)最为常见，其等位基因以C(67．3%)最为常见;rs2274567G/A位点也表现出GG、GA和AA3种基因型，以GA型(49．7%)最为常见，其等位基因以A(53．1%)多见;rs4844600G/A位点也表现出GG、GA和AA3种基因型，以GA型(47．7%)最为常见，其等位基因以G(61．6%)多见。以上3种位点基因多态性的基因型和等位基因频率在男、女性别间比较均无统计学差异(P＞0．05)。将本研究结果与欧洲、非洲等人群基因多态性研究结果比较显示，广西百色地区壮族人群中CR1基因rs2296160C/T位点T等位基因频率为32．7%，显著高于欧洲人的24．6%(P＜0．05)和非洲人的14．2%(P＜0．05);rs2274567G/A位点A等位基因频率为53．1%，显著高于欧洲人的12．8%P＜0．05)和非洲人的23．5%(P＜0．05);rs4844600G/A位点G等位基因频率为61．6%，显著低于欧洲人的75．0%(P＜0．05)和非洲人的97．8%(P＜0．05)。本研究结果与日本及北京等亚洲人群比较差异无统计学意义(P＞0．05)。可见CR1基因型分布及等位基因频率在不同种族间存在着明显的差异。这一结果符合遗传学规律，即亲缘关系越近，其基因型分布越相似，反之则差异越显著。
基因多态性分析的意义范文3
【关键词】 消化性溃疡；抑酸效应；奥美拉唑；雷贝拉唑；细胞色素P450酶2C19；基因多态性
DOI：10.14163/ki.11-5547/r.2016.33.023
Research of acid-suppression effect by omeprazole and rabeprazole for peptic ulcer patients and its relationship with CYP2C19 gene polymorphism LIU Qun. Department of Gastroenterology and Nephrology， Shenyang 242 Hospital， Shenyang 110034， China
【Abstract】 Objective To analyze and investigate acid-suppression effect by omeprazole and rabeprazole for peptic ulcer patients and its relationship with cytochrome P450 2C19（CYP2C19） gene polymorphism. Methods A total of 84 patients with peptic ulcer were randomly divided into omeprazole group and rabeprazole group， with 42 cases in each group. The omeprazole group received omeprazole for treatment， and the rabeprazole group received rabeprazole for treatment. Comparative observation was made on 24 h acid-suppression statas between the two drugs， along with polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism （PCR-RFLP） for CYP2C19 genotype detection. Results The omeprazole group had statistically significant difference of 24 h acid-suppression effects and duration by different CYP2C19 genotypes （P
【Key words】 Peptic ulcer； Acid-suppression effect； Omeprazole； Rabeprazole； Cytochrome P450 2C19； Gene polymorphism
消化性溃疡是临床上最为常见的一种消化系统疾病， 发病率、复发率较高， 并且可发生较为严重的并发症。当前质子泵制剂是治疗消化性溃疡最有效的一类药物[1]。近年来发现， 质子泵抑制剂代谢对肝脏细胞色素P450酶系（CYPs）高度依赖， 药动学、药效学等受到基因多态性的影响[2， 3]。基于此， 本研究对84例消化性溃疡患者分别采用奥美拉唑与雷贝拉唑治疗， 分析探讨了奥美拉唑、雷贝拉唑的抑酸效应及与CYP2C19基因多态性的关系。现将结果报告如下。
1 资料与方法
1. 1 一般资料 随机选择本院2015年5月～2016年5月收治确诊接受治疗的消化性溃疡患者84例为研究对象， 全部患者都通过内镜诊断确诊为消化性溃疡， 符合《实用内科学》消化性溃疡诊断标准[4]， 溃疡均为活动期， 均未进行过质子泵抑制剂治疗， 溃疡直径在0.3～2.0 cm。按照双盲法将患者随机分为奥美拉唑组和雷贝拉唑组， 各42例。奥美拉唑组男28例， 女14例；年龄20～65岁， 平均年龄（36.3±9.6）岁；胃溃疡15例， 十二指肠溃疡27例。雷贝拉唑组男29例， 女13例；年龄20～65岁， 平均年龄（36.8±9.4）岁；胃溃疡16例， 十二指肠溃疡26例。两组患者性别、年龄与溃疡类型等一般资料比较差异无统计学意义（P>0.05）， 具有可比性。
1. 2 方法
1. 2. 1 表型分型 采集患者3 ml外周静脉血， 置入EDTA抗凝管， 根据DNA提取试剂盒提取基因组DNA， 采用RFLP-PCR测定CYP2C19基因型， 分为强代谢型（EM， CYP2C19*1/*1）、中代谢型（IM， CYP2C19*1/*2、 CYP2C19*1/*3）和弱代谢型（PM， CYP2C19*2/*2、 CYP2C19*2/*3和CYP2C19*3/*3）。
1. 2. 2 用药方法 全部患者禁食>12 h， 次日早晨给予患者奥美拉唑或雷贝拉唑口服。奥美拉唑组：给予奥美拉唑肠溶胶囊口服， 20 mg， q.d.；雷贝拉唑组给予雷贝拉唑肠溶胶囊口服20 mg， q.d.；对全部患者胃内pH（便携式pH监测仪）进行24 h监测， 首次检查前空腹12 h， 于8：00插管记录1 h基础pH， 9：00给药， 插管6 h后进食午餐， 次日晨9：00拔管。
1. 3 观察指标 观察两组患者的抑酸持续时间（患者胃内pH>4的持续时间）、抑酸效应（胃内pH>4以上的总时间所占监测时间的比例）、pH值、夜间酸突破作用（服药后， 夜间睡眠12 h内患者胃内pH60 min的情况）。
1. 4 统计学方法 采用SPSS19.0统计学软件对数据进行统计分析。计量资料以均数±标准差（ x-±s）表示， 采用t检验；计数资料采用χ2检验。P
2 结果
2. 1 两组患者不同CYP2C19基因型24 h抑酸情况 奥美拉唑组：强代谢型（18例）、中代谢型（17例）、弱代谢型（7例）；胃pH>4总时间分别为（7.3±2.2）、（9.2±2.4）、（10.7±
2.4）h；胃pH>4时间所占的比例分别为（32.6±12.2）%、（40.3±
14.9）%、（48.8±10.4）%；pH值分别为（3.93±0.82）、（3.96± 0.90）、（4.07±0.50）。雷贝拉唑组：强代谢型（17例）、中代谢型（19例）、弱代谢型（6例）；胃pH>4总时间分别为（12.4±1.8）、（13.4±1.6）、（14.0±1.5）h；胃pH>4时间所占的比例分别为（56.4±10.5）%、（58.3±13.6）%、（60.7±12.4）%；pH值分别为（4.96± 0.73）、（4.98±0.68）、（4.87±0.70）。奥美拉唑组不同CYP2C19基因型24 h抑酸效应及抑酸持续时间比较差异有统计学意义（P0.05）；雷贝拉唑组抑酸持续时间、抑酸效应、pH值均显著优于奥美拉唑组， 差异有统计学意义（P
2. 2 两组患者夜间酸突破作用 夜间酸突破多发生在夜间20：00后， 奥美拉唑组发生19例（45.2%）， 雷贝拉唑组发生22例（52.4%）， 发生液间酸突破作用患者中雷贝拉唑组pH值（2.16±0.71）高于奥美拉唑组（1.16±0.33）， 差异有统计学意义（P
3 讨论
临床上对消化性溃疡的治疗应用最早且最广泛和有效的药物为奥美拉唑， 但在不同个体中应用的疗效存在差异， 部分患者即便使用最大耐受剂量也无法有效控制病情， 且复发率高[5]。由于奥美拉唑的代谢对肝内CYP2C19高度依赖， 而CYP2C19基因存在多态性， 其中强代谢型代谢作用最强， 因此可使药物快速的代谢， 而弱代谢型代谢作用若， 药物代谢缓慢， 尽管对消化性溃疡的疗效并无影响麻烦易发生药物积累， 引发不良反应[2， 3]。诸多研究指出， 奥美拉唑等第一代质子泵制剂治疗消化性溃疡的疗效大相径庭， 主要是受到遗传因素， 即CYP2C19基因多态性影响[6-10]。
雷贝拉唑属于第二代质子泵抑制剂， 可有效抑制胃酸的分泌， 其主要经非酶途径进行代谢， 生成雷贝拉唑硫醚， 只有少部分经过CYP2C19与CYP3A4代谢， 当前对CYP2C19基因多态性影响雷贝拉唑的疗效的影响并无定论[11-18]。西娜等[5]研究显示， 对Hp阳性胃溃疡患者采用雷贝拉唑四联疗法治疗， 治愈率达到72.62%， Hp根除率达到95.23%， 并且疗效受CYP2C19基因多态性影响程度小， 疗效比奥美拉唑四联疗法更加稳定可靠。基于此本科开展此次研究， 探讨了W美拉唑与雷贝拉唑的乙酸效应及受CYP2C19基因多态性的影响， 结果显示奥美拉唑组不同CYP2C19基因型抑酸效应抑酸持续时间比较差异有统计学意义（P0.05）；雷贝拉唑组抑酸持续时间、抑酸效应、pH值均显著优于奥美拉唑组， 差异有统计学意义（P
综上所述， 奥美拉唑抑酸效应受CYP2C19基因多态性影响大， 雷贝拉唑抑酸效应几乎不受影响， 雷贝拉唑抑酸效应显著优于奥美拉唑， 因此雷贝拉唑用于临床治疗消化性溃疡更具有价值。
参考文献
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[12] 胡咏梅. CYP2C19基因多态性对雷贝拉唑、奥美拉唑药代动力学和药效学影响的研究. 安徽医科大学， 2005.
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基因多态性分析的意义范文4
1 对象与方法
1.1 研究对象
随机选取在我院体检健康并且来自广西地区，相互间无血缘关系的个体197例，其中男116例，女81例；年龄25～84岁。所有对象的各项临床和实验室检查数据均在正常范围内。
1.2 方法
1.2.1 基因组DNA提取
用EDTAK2抗凝管采集以上对象的静脉血2 ml，白细胞基因组DNA的提取方法，参照已建立的改良碘化钠法。
1.2.2 引物设计与合成
根据IL31基因rs
10847385A/C位点多态性和已知的DNA序列用在线Primer3 软件（http：//frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3cgi）设计PCR引物，引物合成由上海天昊生物科技有限公司来完成。用于rs10847385A/C位点的上游引物序列为：5′ATCGTGCCTCTGCAATCTCAGG3′；下游引物序列为：5′AATTGCTTGA GCCCAGGAGACA3′；延伸引物序列为：5′TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACAAGGATTTCAAGCAAT AACTCTGGA3′。
1.2.3 PCR扩增
IL31的PCR扩增反应体系共为20 μL，其中包含了10×PCR缓冲液2.0 μL，0.3 mmol/L dNTPs 2.0 μL，上游引物和下游引物各1.0 μL，模板DNA1.0 μL，TaqDNA聚合酶1.0 U，不足体积均用灭菌双蒸水补足至20 μL。PCR产物采用Qiagen公司的HotStarTaq进行多重PCR来获得，PCR产物通过虾碱酶（SAP，from Promega）和外切酶I（EXO I，from Epicentre）纯化后用ABI公司的SNaPshot Multiplex kit来进行延伸反应。延伸的产物用虾碱酶（SAP，from Promega）纯化后在ABI3730XL上样。用GeneMapper4.1（Appliedbiosystems）来分析SNP分型。
1.3 统计学方法
采用SPSS 11.5软件包进行统计分析。各等位基因和基因型分布频率均采用直接计数法计算，各组间等位基因和基因型分布的频率比较采用χ2检验，P<005为差异有统计学意义。
2 结果
2.1 IL31基因型检测结果
IL31基因rs108
47385A/C多态性，经PCR扩增后的产物片段大小分别为180bp。SNP分型结果显示rs10847385A/C位点存在着AA、AC和CC三种基因型。基因测序再一次验证了我们的检测结果，见图1A、B、C。
图1 IL31基因rs10847385A/C测序图注：A、B、C分别为AA、AC、CC基因型；箭头所指为基因突变位点。
2.2 IL31基因多态性在广西健康人群中的分布
经χ2检验分析，结果显示IL31基因rs10847385A/C位点的等位基因和基因型分布频率均符合HardyWein berg遗传平衡，说明我们所选取的研究对象具有一定的群体代表性。其中rs10847385A/C位点以AA基因型出现频率最高占75.1%，其等位基因频率以A型最高占85.5%。其等位基因和基因型分布频率在男女之间比较差异均无统计学意义（P>005）。见表1。
2.3 IL31基因多态性在不同种族人群间的比较
将广西人IL31基因rs10847385A/C多态性分布频率同人类基因组计划（Hapmap）公布的四个种族人群的SNP分型数据进行比较，发现rs10847385A/C 多态性位点等位基因和基因型分布的频率与非洲人、日本人比较差异均有统计学意义（P<005），而与欧洲人、北京人比较差异均无统计学意义（P>005）。见表2。
3 讨论
IL31属于短链细胞因子家族，为一具有4个螺旋结构的细胞因子，主要表达在活化的淋巴细胞，在肾、骨髓、胸腺、小肠等组织中也有少量表达。生理状态下，IL31基因表达水平较低，但在炎症反应时表达水平较高，主要由激活的T细胞产生。IL31与其功能受体复合物结合后，可以不同程度地激活JAKSTAT、MAPK 和 Pi3K/Akt 三条通路进行信号转导，发挥诸如调节细胞增殖分化、促进造血、诱导炎性细胞因子和趋化因子分泌、参与和调节炎症反应等生物学功能。IL31基因定位于12q24.31，全长904bp，含3个外显子，开放阅读框495bp，编码一条由164个氨基酸残基组成的多肽链，成熟的IL31蛋白分子含有141个氨基酸，在皮肤炎症发生中发挥着重要的作用。同时，IL31基因存在单核苷酸多态性，这种基因多态性可能影响到IL31基因的功能，进一步可能会对IL31基因多态性同某些相关疾病的发生和发展产生一定的影响，已有研究表明IL31基因多态性可能是哮喘、瘙痒症和过敏性皮炎、 过敏性湿疹等疾病的危险因素。因此，分析 IL31基因多态性在不同种族健康人群中的分布规律，是更进一步研究IL31基因多态性与一些相关疾病的发生和发展的基础。
利用单碱基延伸PCR（PCRSBE）技术，我们对来自广西各地区人群的IL31基因rs10847385A/C多态性位点进行检测。结果显示，在所观察的人群中，广西人群rs10847385A/C多态性位点存在AA、AC和CC三种基因型，其频率分别为75.1%、20.8%和4.1%；等位基因A和C频率分别为85.5% 和145%。更进一步研究分析发现IL31基因rs10847385A/C多态性位点等位基因和基因型分布频率在男女之间比较，差异均无统计学意义（P>005），提示该位点多态性分布频率同性别没有相关性。将中国广西地区人群与欧洲、非洲、日本和中国北京等人群基因多态性研究结果 比较分析发现，我国广西健康人群中IL31基因rs10847385A/C多态性位点等位基因和基因型分布的频率与非洲人、日本人比较差异均有统计学意义（P<005），而与欧洲人、中国北京人比较差异均无统计学意义（P>005），提示IL31基因的等位基因和基因型分布频率在不同种族间存在明显差异，这可能与其所处地理环境、饮食习惯及生活方式等产生的影响有关。
总之，对中国广西人群IL31基因rs10847385
A/C位点多态性的研究分析，不仅为研究IL31多态性与相关疾病的发生和发展提供了重要的分子遗传学数据，而且为进一步从基因水平解释某些疾病的发病机制提供了基础性的资料。
参 考 文 献
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基因多态性分析的意义范文5
【摘要】目的：通过对苯丙酮尿症患者的产前情况进行诊断分析，为预防此病提供科学依据，从而提高优生优育率。方法：采用人类苯丙氨酸羟化酶cDNA限制酶片段长度进行多态性连锁分析，收治2例苯丙酮尿症高危胎儿做产前诊断，对结果进行统计学分析。结果：产前诊断与胎儿出生后情况或人工流产手术后的结果相符。结论：苯丙酮尿症患者的产前情况在测定PAH活力时还存在着一定的难度，因此苯丙酮尿症患者的产前诊断只能通过分析胎儿的PAH基因来完成。
【关键词】苯丙氨酸羟化酶；脱氧核糖核酸；血清苯丙氨酸；苯丙酮尿症；产前诊断；PKU；PAH；基因
1、临床资料
苯丙酮尿症（PKU）是一种比较常见的遗传性氨基酸代谢病，在我国人群中发病率十分低。患者由于肝脏内的苯丙氨酸羟化酶（PAH）缺乏，苯丙氨酸不能转化为酪氨酸而在体内累积。患儿出生后若不及时得到低苯丙氨酸饮食治疗，便出现不可逆转的大脑损害和智力发育迟缓。因此认真开展PKU的产前诊断，防止PKU患儿的出生和淘汰PKU致病基因，对于保障人民健康，提高人口素质具有特别重要的意义。
1.1 一般资料。从上海收集2例PKU患者进行产前诊断，其中一例高危妊娠者年龄为30岁，另一例为28岁，均为第二胎，其妊娠周数分别为9周和17周。
1.2 PKU患儿临床表现。PKU患儿临床上均有智力落后、头发变黄、皮肤白嫩、尿鼠臭味及FeCl3试验呈现阳性。
1.3血清苯丙氨酸诊断情况。2例患者中一例血清苯丙氨酸浓度为0.90mmol/L，另一例为0.83mmol/L。
1.4 PAH与cDNA探针的准备。重组质粒phPAH247用EcoRI消化后，经琼脂糖制备电泳分离得到2.4Kb的PAH全长cDNA，经缺口翻译制备标记的PAH与cDNA探针。
2、方法
2.1 血清苯丙氨酸浓度测定。将PKU患儿及其双亲的血清进行分离，用LKB4400型氨基酸自动分析仪测定血清苯丙氨酸和酪氨酸浓度。
2.2 患儿和胎儿DNA的提取。（1）患儿DNA提取：采集患儿及其双亲的抗凝静脉血，分离白细胞，按实验室中常规方法提取高分子DNA；（2）胎儿DNA的提取：于妊娠8～10周时，在B型超声波定位下，采集绒毛20mg左右。或于妊娠17周时，用改良的羊膜腔穿刺术采集羊水20ml，按前边方法提取胎儿DNA。
2.3 PAH基因的限制酶位点多态性分析。患儿及其父母的DNA分别用限制性内切酶BglII、EcoRI、EcoRV、Mspl和PvuII消化，经琼脂糖电泳，Southern印迹法转移后，与前边标记出的人类PAH与cDNA探针杂交和放射性自显影，得到基因图谱，对于PAH基因的6个酶切位点多态性进行分析，并根据这些多态性位点在患儿及其双亲的遗传关系中，找出与缺陷PAH基因连锁的多态性DN段，作为遗传标志进行产前诊断。
2.4 胎儿的产前基因诊断。根据在限制酶位点多态性分析中找到的遗传标志，选用合适的内切酶消化PKU高危胎儿的绒毛或羊水DNA，制作PAH基因图谱，鉴定出胎儿是否遗传得其双亲的缺陷PAH基因。并根据这10例孕妇于人流或分娩后所采集的胎儿脐带血，抽取白细胞DNA，制作限制酶酶谱，来检验产前诊断的结果。
2.5 统计学分析研究。采用统计学软件SPSS13.0建立数据库，对10例苯丙酮尿症高危胎儿患者进行t检验和x2查验并进行分析，结果显示P
3、结果
3.1 血清苯丙氨酸测定。2例PKU家系的患儿血清苯丙氨酸浓度的测定结果表明，其父母结果虽然在正常值范围内，但患儿的血清苯丙氨酸浓度均>0.73 mmol/L。因此患儿属于苯丙酮尿症。
3.2 限制酶位点多态性分析。通过对患儿进行PAH基因的限制性内切酶位点多态性分析，其结果表明应用内切酶分析可以完全诊断出患儿是否患苯丙酮尿症，同时根据内切酶分析数据也可以排除胎儿患苯丙酮尿症。
3.3 PKU产前基因诊断。2例PUK高危胎儿产前诊断选用的内切酶及产前诊断结果显示，胎儿脐血DNA的酶谱分析结果和绒毛或羊水DNA分析结果相同，对产前诊断为非PUK的胎儿，于出生6个月后经随访证实产前诊断结果正确。
4、结论
人类的PAH仅存在于肝脏，PAH催化的将苯丙氨酸转化为酪氨酸的代谢反应只局限在肝脏内进行。胎儿血、绒毛和羊水细胞内均没有PAH的合成，无法测定其PAH活力，因此PKU的产前诊断只能通过分析胎儿的PAH基因来完成。我们应用限制酶位点多态性连锁分析技术对2例PUK高危胎儿进行了产前基因诊断，这种多态性连锁分析技术是目前遗传病产前诊断最常用的技术，其关键是要在家系成员中，找到可作遗传标志而能提前诊断信息的多态性位点。
据专家研究表明，人类DNA每100个核苷酸便有一个发生中性替代，这种替代不会造成基因表达的缺陷，但能改变限制酶的切点，因而产生相应的限制性内切酶位点的多态性。对此，我们曾经分析研究了28个中国PKU家系多态性位点，发现对中国人PKU基因诊断最有价值的是限制酶EcoRV和PvuII。这两种酶不仅价格便宜，而且杂合的多态性比率高，因而提供基因诊断的信息多。若组合应用8个多态性位点进行连锁分析，可对大多数（约占80%）的苯丙酮尿症家系进行产前诊断或携带者检测。但还有20%的PKU家系因没有杂合的多态性位点，因而不能用这种多态性连锁分析技术进行产前诊断。
据估计，人类DNA中每100个核苷酸便有一个发生中性替代，这种替代不会造成基因表达的缺陷，但能改变限制酶的切点，因而产生相应的限制性内切酶位点多态性。我们通过扩大PAH基因的限制酶酶谱分析，来发现更多的多态性位点，并将其应用于PKU的产前诊断，从而提高产前诊断的可能性。在进行产前诊断的10例PKU高危胎儿中，有5例只能作排除诊断，因为双亲中只有一方存在杂合的限制酶位点多态性。因此，随着PAH突变基因DNA碱基替代技术的发展，应用核苷酸杂交进行PKU产前基因诊断和对携带者进行检验，具有十分广阔的前景。
参考文献
[1]孔祥东：《经典型苯丙酮尿症家系8例产前诊断》，《郑州大学学报（医学版）》，2008年01期。
基因多态性分析的意义范文6
关键词：溃疡性结肠炎，免疫相关鸟苷三磷酸酶基因，基因多态性，Meta分析
溃疡性结肠炎（ulcerative colitis，UC）是一种病因不十分清楚的肠道慢性、非特异性炎症性疾病。UC发病率逐年增高，已成为我国消化系统常见病，严重危害人民健康。目前UC发病机理的研究多集中在遗传、感染、免疫、环境等方面。近来认为自体吞噬（自噬）与UC发病有关[1]。免疫相关鸟苷三磷酸酶基因（immunity-related GTPase family， M，IRGM）是自噬体基因之一，与UC的发病可能相关[2]。 目前IRGM基因多态性与UC遗传易感性的关系存在争议。 为此，本文采用Meta分析方法，定量评价IRGM-4958847 A/G基因多态性与UC发病风险的关系。
1 材料与方法
1.1 材料 采用计算机检索PubMed， Embase， Cochrane图书馆， ISI数据库， CNKI，VIP，万方数据库，检索时限为从建库至2012年10月。限中文和英文。手工检索相关文献的参考文献和胃肠病会议摘要。英文检索词：ulcerative colitis，inflammatory bowel disease，immunity-related GTPase family M，polymorphism。中文检索词：炎症性肠病，溃疡性结肠炎，免疫相关鸟苷三磷酸酶基因，多态性。
1.2 方法 纳入公开发表的IRGM基因多态性与UC关系的研究。研究对象为CD患者，不限制性别、年龄、人种和国籍等。研究实验方法科学。等位基因分布频率符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律。排除标准：数据不完整和质量差的文献。采用Newcastle-Ottawa Scale （NOS）量表[3]进行质量评价，得分≥7分为高质量研究。
1.3 统计学处理：采用RevMan 5。2。6软件进行Meta分析。效应量为比值比（Odds ratio，OR），计算其95% 可信区间（Confidence interval ， CI）。 异质性检验采用卡方检验（chi-square test，χ2）。若P>0.1，I2≤50%时异质性不明显，使用固定效应模型分析；P≤0.10，I2>50%时有异质性，用随机效应模型。异质性过大时（I2> 75%）须分析异质性原因，甚至放弃定量合成。合并效应量的检验使用Z检验，若P≤0.05时差异有统计学意义。 纳入9个以上研究时采用倒漏斗图分析发表偏倚。
2 结果
2.1 文献检索结果与纳入研究特征 初检出292篇文献。剔重、阅读标题和摘要、阅读全文后最后纳入6篇文献[4-9]进行Meta分析。纳入研究的6篇文献皆为英文文献。累计病例组4179例，对照组5294例.研究人群分布广，有亚洲、欧洲和大洋洲研究人群。采用NOS量表评分。质量评价结果显示各纳入研究得分在7分以上。纳入研究的基本特征与质量评分见表1。
2.2 Meta分析结果 除隐性遗传模型同质性差，使用随机效应模型合并效应量外，其余遗传模型无异质性，使用固定效应模型。与野生型纯合子相比，变异纯合子4958847G/G基因型个体与UC易感性有相关性[OR=0.75，95% CI（0.57， 0.99），P=0.04]，见图1。而杂合子4958847A/G基因型个体与UC发病风险增高无相关性[OR=1.07，95% CI（0.90，1.27），P=0.45]。在显性遗传模型（GG/AG vs.AA）中UC发病风险增高无统计学意义[OR=1.03，95% CI（0.87，1.21），P=0.75]。在隐性遗传模型（GG vs. AG/AA）中也无统计学意义[OR=0.90，95% CI（0.72， 1.12），P=0.35]。对纯合子和隐性遗传模型进行敏感性分析，结果稳定性差。但对杂合子和显性遗传模型进行敏感性分析，各合并效应量稳定性好。
3 讨论
自噬能维持内环境稳态，调节细胞数量、大小，维持ATP，组织重塑，调节免疫力和炎症等。自噬基因缺陷小鼠对葡聚糖硫酸钠更加敏感[10]。临床试验方面，国外研究发现自噬基因IRGM等与炎症性肠病相关。但国内外研究结论不一致。因此，本研究采用Meta分析方法，分析IRGM-4958847 A/G基因多态性与UC易感性的关系，为UC的发病机理研究提供参考依据。
本研究共纳入6个病例对照研究和队列研究，有不同人种研究，样本量大. 纳入研究质量好，NOS评分在7分以上。但在资料收集上，由于仅检索中文和英文，可能存在一定偏倚。纳入研究UC诊断标准不完全一致，也可出现选择性偏倚。本Meta分析结果显示变异纯合子4958847 G/G基因型个体与UC发病风险可能相关。而另外几种遗传模式未见UC易感性相关结论。异质性检验发现纯合子模型同质性好，但针对纯合子模型的敏感性分析发现结果稳定性差，影响Meta分析结果的可靠性。Meta分析为二次研究，不可避免地受到各种偏倚的影响。因而，应慎重对待本Meta分析结果。
总之，本研究提示IRGM-4958847 A/G基因多态性与UC发病风险存在一定相关性。但尚须开展更多前瞻性或高质量、多中心研究加以证实。
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作者简介：
崔德军， 1975年1月生，男，土家族，贵州省贵阳人，毕业于四川大学华西临床学院，博士，就职于贵州省人民医院，副主任医师，从事炎症性肠病基础与临床研究。
