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生物信息学方法范文1
Bioinformatics prediction strategy for Mycobacterium tuberculosis (H37Rv) secreted proteins
【Abstract】 AIM: To establish a prediction strategy for Mycobacterium tuberculosis (H37Rv) secreted proteins to pave the way for further research. METHODS: The whole protome of H37Rv was scanned by SignalP and TMHMM. The protein date analysis system based on Visual FoxPro was established to process the output of SignalP and TMHMM and identify the secreted proteins. The sequences of the secreted proteins were aligned by BLASTp. RESULTS: One hundred and seventynine secreted proteins were identified, where 12 of them were found to be unique in H37Rv. CONCLUSION: Bioinformatics approaches can be used as an assistant tool in secreted protein research.
【Keywords】 Mycobacterium tuberculosis;secreted protein;signal peptide;bioinformatics
【摘要】 目的:建立一种结核分枝杆菌(H37Rv)分泌性蛋白的预测方法,为后续研究提供参考依据. 方法:以SignalP和TMHMM两个软件对结核分枝杆菌蛋白组进行扫描,基于Visual FoxPro构建“蛋白质数据分析处理系统”对扫描原始数据进行分析处理以识别分泌性蛋白,再经BLASTp完成相似性比对. 结果:预测出了179种分泌性蛋白,其中12种为H37Rv所特有. 结论:生物信息学方法可作为一种研究分泌性蛋白的辅助工具,用于指导实验.
【关键词】 结核分枝杆菌;分泌蛋白;信号肽;生物信息学
0引言
结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis, MTB)的分泌蛋白不但在豚鼠实验中可以引发迟发性超敏反应,在结核病患者体内也可诱导抗体的产生[1],对结核病的预防和诊断具有重要意义. 目前有两种实验生物学方法用于MTB分泌蛋白的研究,一种是通过二维凝胶电泳的方法分离MTB早期培养滤液蛋白(CFP),再通过N端测序[2]或免疫学方法加以确定[3]. 另一种是通过基因融合的方法将MTB的基因与报告基因融合后进行表达,再对报告基因的表达产物进行定位,以确定是否为分泌表达[4]. 已有30多种MTB分泌蛋白通过实验方法得以确认,但MTB分泌蛋白远不止这30多种,尚有很多未被发现. MTB蛋白分泌的主要途径是sec-依赖性的分泌途径也称为II型分泌途径,该类分泌蛋白的结构特点是新生肽链的N末端具有典型的信号肽特征,主要分为N区、H区、C区三个部分. N区位于信号肽N端,含有1~3个带正电荷的氨基酸残基;H区位于信号肽中间,由10~15个疏水氨基酸残基组成;C区位于信号肽C端,富含亲水氨基酸,能被信号肽酶识别. 信号肽所具备的这些数量化特点为计算机自动化分析预测提供了可能.
分泌蛋白和膜蛋白都含有信号肽序列,所不同的是分泌蛋白在信号肽之外不再有疏水的跨膜区,信号肽引导分泌蛋白跨膜穿梭之后,信号肽酶在相应位点将信号肽切除,以此完成成熟分泌性蛋白的分泌过程;而膜蛋白在信号肽之外还有一个以上的疏水跨膜区,信号肽在引导膜蛋白跨膜时,由于疏水跨膜区的存在使得膜蛋白停留在细胞膜中. 本文预测MTB分泌性蛋白的方法主要涉及到两方面内容:一方面是对信号肽序列的识别,另一方面是对蛋白疏水跨膜区的识别. 首先通过对信号肽的识别将分泌性蛋白和膜蛋白从其他蛋白质组中区分出来,然后从中寻找疏水跨膜螺旋以区分分泌性蛋白和膜蛋白,最后利用NCBI提供的MTB蛋白序列相似性搜索(BLASTp)发现有12条预测出的分泌性蛋白为MTB所特有.
1预测方法
预测方法如图1所示.
1.1搜集结核杆菌H37Rv基因组和蛋白组信息在美国国家生物技术信息中心(ncbi.nlm.nih.gov)的核酸数据库Nucleotid中查寻关键词“H37Rv complete genome”. 从搜索结果中查找H37Rv全基因组,并以FASTA格式下载. 从英国基因组研究中心Sanger center的数据库(ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/tb/sequences/)下载全蛋白质组信息.
1.2分析数据分别向SignalP和TMHMM提交H37Rv蛋白组数据. 由于SignalP服务器对单次提交数据量有数量限制,因此将H37Rv蛋白组数据分为8次提交(Rv0001Rv0500,Rv0501Rv1000,……Rv3501Rv3924). 另由于Rv2048单数据量过大,超过SignalP服务器对单数据的处理范围,因此将Rv2048 C端部分氨基酸残基除去(不影响N端信号肽分析). 由于TMHMM服务器对提交数据量没有限制,可一次全部提交. 返回数据一次保存.
1.3建立数据库根据本课题的实际需求,依据SignalP和TMHMM分析结果的数据特点,使用VFP6.0开发了“蛋白质数据分析处理系统”用来存储和处理SignalP和TMHMM的原始分析结果(图2).
1.4获得分泌性蛋白和膜蛋白通过上述数据分析系统自动完成分泌性蛋白和膜蛋白的识别和查询.
1.5BLASTp分析将预测出的所有H37Rv分泌性蛋白通过NCBI的BLASTp服务器与所有已知的蛋白序列进行相似性比对,以获得结核杆菌H37Rv特有的分泌性蛋白.
2结果
2.1H37Rv基因组和蛋白组信息搜集从美国国家生物技术信息中心ncbi.nlm.nih.gov的核酸数据库Nucleotid中查寻到编号为NC_000962的记录,其中包含了H37Rv的全部基因组信息共4 411 529 bp,从Sanger的数据库获得蛋白组信息,共3924条蛋白序列数据.
2.2H37Rv蛋白组信号肽和跨膜区分析将SignalP和TMHMM的原始分析结果通过“蛋白质数据分析处理系统”自动识别N端具有N区、H区和C区等典型信号肽特征的蛋白质和具有典型跨膜螺旋特征的蛋白质,通过数据库的自动查询功能共发现了179个分泌性蛋白(其中有12个已得到相关文献的证实,表1)和150个膜蛋白.表1H37Rv蛋白组信号肽和跨膜区分析结果(略)
2.3BLASTp分析对179条分泌性蛋白经BLASTp分析发现有12条蛋白为H37Rv特有,在其他物种已发表的蛋白质序列中无任何相似区域(表2).表2BLASTp分析结果(略)
3讨论
在对结核杆菌H37Rv的3924条蛋白质分析过程中SignalP共预测出了573条蛋白质含有信号肽;TMHMM预测出了786条蛋白质含有疏水跨膜螺旋,其中623条蛋白质含有信号肽. SignalP和TMHMM对信号肽预测结果的交集为329条,其中150条含有信号肽外疏水跨膜区被列为膜蛋白,其余179条蛋白不含信号肽外疏水跨膜区因而被列为分泌性蛋白.
SignalP和TMHMM的原始分析结果数据量非常大,每条蛋白质包含了“蛋白编号”、 “可信度”以及“酶切位点”等11项不同信息,因此H37Rv的分析结果中信息量多达43 164条. 若要对4万多条信息进行人工比较将是一项费时、费力的工作,且人工比较的准确性也难得到保证. 我们开发出基于Visual FoxPro的“蛋白质数据分析处理系统”,不仅能将SignalP和TMHMM的原始分析结果自动导入数据库,而且可对数据库中的各项数据进行比较,实现了将分泌性蛋白和膜蛋白的识别工作完全交给计算机来完成. 以前用人工方法可能要花费数周时间的工作,现在利用这套系统仅需数秒钟即可完成,同时排除了人为可能造成的错误.
蛋白质的功能由其特定的空间结构决定,而这种空间结构又由蛋白质的氨基酸顺序决定. 如果两个蛋白质的一级序列相似,尤其是活性位点的一级序列相似,便很可能预示着这两种蛋白质具有相似的功能. 因此,对未知功能的蛋白质进行序列比对是生物信息学中的一项重要工作. 本研究通过对预测出的179种分泌性蛋白进行序列相似性比对(BLASTp)发现其中有12种为结核杆菌所特有且功能未知. 可以设想,这12种蛋白质或许对结核杆菌的临床诊断具有一定的潜在应用价值. 作为分泌性蛋白,它们也可能是具有保护性作用的抗原,在治疗结核病的疫苗研究中成为新的靶点[14].
综上所述,利用该体系可实现对结核杆菌H37Rv分泌性蛋白和膜蛋白的快速预测. 我们开发的“蛋白质数据分析处理系统”可以处理所有SignalP和TMHMM的分析结果,因而该系统不仅能用于结核杆菌的分泌性蛋白和膜蛋白的预测,而且还可用于其他原核细胞或真核细胞的分泌性蛋白和膜蛋白的预测. 作为尝试性的研究,本课题还存在很多不足之处. 例如:该预测体系建立在GSP(General secretory pathway)理论基础之上,虽然大多数蛋白质的分泌途径遵守GSP理论,但是蛋白质的分泌过程却不止这一种途径,有些蛋白质的分泌并不需要信号肽的存在[15],这类蛋白质无法被该系统检测出来. 另外,膜蛋白的疏水跨膜区有些是以β桶型结构存在[16],而非α螺旋结构,因此在预测过程中有可能将这类膜蛋白误认为是分泌性蛋白.
参考文献
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生物信息学方法范文2
关键词:高中生物;教学方法;新课改
随着我国新课程改革的不断发展与深化,如何提升生物课堂教学的效率已经成为当前教学事业研究的一个主要问题。新课程改革背景下的高中生物,在课程的编排上有着很严重的问题,其教学内容繁多、教学时间较少。因此,提升高中生物课的教学效率就显得尤为重要,高中生物教师要积极调整教学方式,提高生物课堂的教学效率,从而提升学生的学习效率。
一、改变传统的教学模式
传统的生物教学模式已经不能适应现代新课改下的教育体制要求,因此,高中生物教师要创建一个新型的教学模式。这样才能够有效地提高学生自主学习的积极性,并且能够使学生把自己的生活实际与课堂的教学内容相结合,使学生更好地掌握生物知识。
在高中生物教学过程中,教师要充分培养学生对生物知识进行独立思考的能力,要改变以往问答的教学形式,要在教学过程中观察学生,对学生学习和掌握生物知识的情况有一定的了解,从而能够有针对性地适当调整生物课堂教学模式。高中生物教师只有不断改进教学模式,才能够积极参与到新课程改革的教学中去。通过改变教学模式,积极引导学生充分理解生物知识的内涵,从而有利于培养学生的创造能力,使学生形成正确的价值观。
二、使学生成为生物课堂的真正主人
高中生物教师要充分尊重学生,激发学生学习生物的主动性。教师要为学生营造良好的学习氛围,与学生共同建立一个民主、高效的课堂,师生之间相互合作,共同完成生物课堂的教学。
高中生物教师要充分调动学生学习生物的兴趣,使学生能够在一个轻松愉快的环境中学习。教师要注重课堂上与学生的交流,并在交流的过程中引导学生更好地掌握生物知识,要打破以往被动的教学模式,要在与学生的互动交流中进行教学,充分发挥学生的学习自主性,使学生真正成为课堂的主人。高中生物教师在教学过程中,要充分培养学生对生物知识进行独立思考的能力,使学生能真正成为生物课堂的主人,有效提升学生的学习效率。
三、注重生物实验的教学
生物是一门以实验为主的课程,通过生物实验教学能更好地使学生了解生物现象的本质,所以,教师要把实验教学作为生物教学的重点内容。教师只有重视生物实验教学,才能够使学生掌握更多的理论知识。当前新课程标准改革也提出了要重视生物实验,要把理论与实践相结合的观点,同时在新课程改革的教材中对于生物实验的内容也在逐渐增加,因此,要重视生物实验教学。
高中生物教师在实验教学中,要让学生分组实验,使学生通过合作来完成实验,从而培养学生良好的协作意识和团体意识,这样才能够真正地实现对学生综合素质的培养。
四、帮学生树立生物学习的信心
在我国的教学环境中,教师和家长对学生的鼓励和表扬往往都不多,这样就会使学生对于学习严重地缺乏信心。所以在当前新课程标准的改革下,要积极鼓励学生,使学生能树立对生物学习的信心。
教师只有帮助学生树立学习生物的信心,才能够充分激发学生学习生物的兴趣,从而提升学生的学习效率。教师要在对学生传授生物理论知识的过程中,插入一些有趣味的内容,这样就能够有效地带动学生学习生物的积极性,培养学生学习生物的兴趣,使学生不再觉得学习生物是一件乏味的事,从而能够帮助学生树立良好的学习信心。
五、提升教师的综合素质
在当前新课程改革的形势下,要想提高学生的学习效率,首先就要提升教师的综合素质,只有这样,才能够培养出更多优秀的生物研究人才。
在当前的素质教育中,教师最主要的任务就是要指导学生完成其所制订的计划。学生在学习生物的过程中,会遇到很多难题,这时就需要教师对其进行指导,从而能够使其独立解决在学习中遇到的问题。教师在传授学生知识前,要提升自身的专业素养,这样才能够更好地指导学生进行生物的学习与掌握。
高中生物教师要不断地完善自我,要不断强化自身的能力,要开阔自己的视野,要充分掌握生物教材,这样才能够帮助学生解决学习中遇到的难题,从而带动学生学习生物的主动性与积极性。
综上所述,当前新课程改革下的生物教学要以培养学生的思维能力为出发点。因此,教师要认真向学生传授新课程的内容,并要充分理解新课程改革下的教学理念,要把其深入地贯彻和落实到高中生物教学之中,这样才能使高中生物教师改变传统的教学模式。在当前新课改的教学实践过程中,高中生物教师要提升自身的综合素质,从而提升高中生物教学的教学质量,进而整体上提升学生的学习效率。
参考文献:
[1]潘加磊.浅谈新课改形式下高中生物的教学方法[J].现代阅读(教育版),2011,(16).
生物信息学方法范文3
关键词:中学生;物理;心理;思维;教学
一、学习物理的心理形成过程
1.从物理感觉到物理知觉
感觉是认识的初级形成,是一切知识的源泉,它属于认识的感性阶段。物理概念、规律的形成都需要经过分析大量的物理现象及物理实验的验证,才能使其感知主体,形成对物理过程的整体认识。例如,在学习熔解时,晶体是怎样熔解的?通过观察分析熔解过程,对其有了整体认识,使同学感到熔解过程应具备:达到熔点,继续吸热。
2.从物理知觉到物理表象
知觉是大脑对客观事物的初步分析和综合的结果,是感觉与思维之间的重要环节。学生在学习中从各种物理现象、实验中通过分析总结出的概念和规律是在知觉基础上形成的物理表象。物理表象虽具有一定的概括性,但它仍属于认识过程的感性阶段,仍是事物的直观特征的反映,是从具体的形象思维到抽象思维既而形成物理概念和规律的过渡和桥梁。
3.从物理表象到抽象思维
对于物理现象,实验直接概括形成的物理表象,是以感觉和知觉为基础,属于非本质的东西,很多物理概念、规律的形成仅靠物理表象是不行的,还需揭示其本质,抓住本质的东西,将感性认识上升到理性认识,才能形成正确的概念和规律,如牛顿第一运动定律的形成过程,凭感知人们认为有力作用,物体就运动,没有力的作用,物体就静止。但究其本质原来运动的物体,停止一切外力后会怎样呢?只有这种由现象到本质的分析研究,才能形成正确的认识。
二、中学生学习物理的心理障碍
1、物理学科本身因素造成的障碍
(1)物理抽象难学造成的兴趣障碍。由于物理学本身比较抽象、难懂,特别是高一学生,物理学中的一些难点容易成为学生学习的分化点,导致其学习成绩不理想,这样容易使部分学生失去对物理学习的兴趣,而造成兴趣障碍。
(2)物理问题的复杂性造成的思维障碍。物理问题往往都是多因素的问题,在这些因素中,有的是显因素,有的是隐因素。而隐因素有时在问题中起指导作用,有时在问题中又起干扰作用。由于学生不具备正确对待隐蔽因素的心理适应能力,以致该排除隐蔽因素干扰时,排除不了,该接受隐蔽因素指导时,又忽视了它的指导作用,从而造成思维障碍。
2、学生自身的思维障碍
(1)学生思维能力的限制造成的兴趣障碍。由于中学生正处在形象思维向抽象思维的转折期,学生的抽象思维能力比较低,对一些抽象而陌生的物理概念、单位、模型的学习感到困难,从而失去学习物理的兴趣。
(2)学生思维品质缺陷形成的思维障碍。这类思维品质障碍主要有:面性思维障碍。它是指学生在物理学习中不能全面地分析问题,满足于对事物的一知半解,只凭对事物的局部了解就草率得出结论的一种心理障碍。B消极定势思维障碍。学生在学习过程中,定势思维有积极意义,有时也存在消极影响。消极的定势思维是指学生不自觉地把一种习惯固定的思维方式生搬硬套到解决物理问题中,限制了思维的灵活性,对相近或相关问题,容易引起自动化的定向反射,引起定势思维障碍。C逻辑思维障碍。由于物理现象的普遍性,中学生在学习某种物理概念和规律之前,就形成了有关概念的各种观念。在物理学习中,由于先入为主的原因,使一些错误的生活经验对学生的物理概念规律的形成起消极作用,造成学生思维上的障碍。
三、利用中学生学习物理的心理特征,改进物理教学方法,提高教学质量
1.利用教学情感,使学生爱学
由于中学生正处在一个感情发展期,兼幼稚与成熟为一体。关注中学生的情感,使学生更加健康地学习和生活,并且利用情感特点进行物理教学指导。情感是人对客观事物是否符合自已需要的态度的体验。心理学研究表明,情感是学习效果的一个重要心理因素,教师的理解、兴趣和喜爱要导致学生的理解、兴趣和喜素是影响教爱,即发生情感的共鸣与转移,这是教学成功的关键。在物理教学中首先要建立良好的师生情感。教师对学生的热爱和期待是学生学习的动力,同时教师的情感影响着课堂气氛。其次要发展和丰富学生对物理学科的良好情感。教学中应让学生感受物理学之美:物理规律的和谐统一、公式的简洁对称、物理实验的巧妙精湛等。这些美的感受能引起学生学习物理的兴趣,减轻心理压力,提高学习效果。再次要给学生创造学习成功的机会和教给学习成功的方法。心理学家认为:人有一种自我实现、获得承认、取得成功的愿望和需要。学习成功的体验会增强学生学习的信心和兴趣,获得继续前进的强大动力。
2.据中学生初、高中学生的思维特点,做好初、高中物理教学的衔接。
初中生与高中生思维有个过度期。而物理有是一门对思维能力要求很高的学科。根据学生的思维变化特点,做好物理教学的衔接与转化。
A.从画图入手帮助学生建立理想化的物理模型和理想化过程――训练科学抽象法。
理想化的物理对象模型和理想化过程是抽象思维的产物,是研究物理规律的一种行之有效的方法。引入物理模型,可以使问题的处理大为简化而又不会发生太大的偏差。在传授知识的同时,向学生渗透处理较复杂的物理问题时采用的具体分析、合理简化、科学抽象的方法,有利于思维能力的培养。
理想实验也是物理学中一种特殊的科学思维方法,它是在系统的观察与实验的基础上,抓住主要矛盾,忽略次要矛盾,对实际过程作出更深入的逻辑分析和抽象的一种方法。
B.学会运用理性知识的基本逻辑思维的方法
学生习惯应用类比的方法做题.初中大量训练的结果是:照着老师的例题套用公式就可以做对题。高中阶段如果沿着这条思路走下去,到了高三知识、方法的综合程度一高,学生就会乱了方寸,成绩就会急剧下滑。要教会学生分析问题、解决问题的有力手段,掌握问题的实质,学会归纳总结。
3.转变学习观,变机械学习为意义学习。
由学习心理可知,学习分为机械学习和意义学习两类。只有当人全身心参与,将其认知、情感、信念、意图及各部分经验都融合在一起时进行的学习才是“意义学习”。学生进行意义学习的前提条件是学习内容对学生具有“个人意义”,即学习内容是否真正为学生所需要。只有当学生觉察到学习内容与他自己的目的有关时才会全身心投入,意义学习才会发生。因此在物理教学中教师要引导中学生由形象记忆转化为抽象记忆,或由机械记忆转化为理解记忆,目的在于培养学生正确的思维、记忆方法,把教学内容转变成学生易于接受和乐于接受的信息,抓住学生的兴趣或需要,让他们兴致勃勃地投入到学习活动中,并在学习中正确地使用鼓励、表扬、诱导等手段。帮助学生快速高效地进行物理“意义学习”。
4.总之,消除学习障碍培养兴趣是关键
学习兴趣是学生的认识需要的情绪表现,是学生在愉快体验的基础上形成的乐于积极地去接触、认识某一事物的意识倾向。在学习实践中,兴趣对学生的学习活动将产生巨大的推动作用。学生一旦对学习产生兴趣,就会充分发挥自己的积极性和主动性。浓厚的兴趣将是学生刻苦钻研、勇于攻关的强大动力。
综上所述。物理教学的实践告诉我们:要提高中学物理教与学的效益,必须研究和掌握学生物理学习的心理活动特点和规律,并以此为基础充分调动学生的主体因素,优化学生物理学习的情感、态度和价值观。
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生物信息学方法范文4
关键词:新疆中职学生;英语语音;错误分析;纠正方法
语音是语言的物质外壳,是掌握语言知识和获得语言技能的基础,所以学习语言必先从语音开始。学好语音是学好英语的关键和基础。新疆中职学校学生多数是偏远农村地区的、初中学习习惯较差、中考无望的学生,由于这些学生语音基础极差,学生大多连音标都认不全,根本无法拼读和正确记忆单词。没有掌握拼读能力,就等于没有进入学习英语的大门。因此,在学生进入中职学校学习初期,教师应注重基础语音教学,以增强学生的自信心,提高学生学习英语的兴趣。
新疆中职学生语音错误主要受西北方言和新疆土话的影响,由此而形成新疆所特有的英语语音错误。
一、学生在学习过程中常见的语音错误分析
1、元音方面出现的问题:
⑴长短元音不分,长音不够长,短音不够短。英语的不同元音,在结合相同的辅音时,长短可能表现出完全不同的词义,例如: seat和sit;sheep和ship;reach和rich
⑵单元音之间的辨析弄不清楚,口型和音位把握不准。特别是/e/和/ /,如end和and;pen和pan
⑶某些双元音和某些单元音不分,如/ei/和/i:/以及/u/和/ u/, 例如:很多同学将way读成we; case读成kiss; phone读成/fun/。
⑷双元音简化及缺少滑动,没有音长的前后变化也没有力度轻重。一般双元音前面的长,后面的短,前面的重,后面的轻,中间过度要圆滑而平稳自然。例如:like, lack; gate,get
2、辅音方面出现的问题:
⑴在/p/、/b/、/t/、/d/、/k/、/l/、/m/、/n/等辅音后常常加上一个元音/ /,如read(/ri:d /) a book(/buk /.
⑵在/s/和/θ/,/z/和/ /发音时混淆,问题在于两组音中后者要咬舌。如mouth和mouse,thing和sing。很多同学将this is读成/zis iz/,thanks读成/s ks/
⑶由于新疆学受西北方言和新疆土话的影响,对于三个鼻音/m/,/n/和/ /,的发音方法不易掌握。在读元音后面的/m/时, 许多学生双唇不紧闭, 如: form被读成/f :n/, 或者干脆不发音。鼻音/n/和/ /更是分不清, 例如:strong读成/str : n/; 然而/ /是一个后鼻音,发音时舌后部抬起, 软腭下垂,堵住口腔通道,气流从鼻腔通过。/n/是一个前鼻音,舌尖紧贴上齿龈形成阻碍。
⑷混淆唇齿摩擦音/v/和响音的半元音/w/: 例如:win读成 /vin/; very读成/ weri/。实际上发/w/的音时,后舌位抬得很高,双唇收圆,并稍突出。注意发/w/时气流不受发音器官的阻碍,只是气流通过唇角时有一些磨擦。在发/v/时不要只是将上齿轻轻地落在下唇上,而是要将上齿固定地放在下属上,然后使气流从上齿与下唇间的缝隙中通过,发生磨擦。
⑸ /r/发音不好掌握。新疆学生发音较硬,而/r/发音时要求舌头较软。这个音是舌尖抬向齿龈后部,向后面的硬鄂弯曲时可将双唇突出,来帮助舌向后弯的动作。例如: road /r ud/
二、常见语音错误的纠正方法
为了调动学生学习的积极性和培养学生学习英语的自信心,针对新疆中职学生语音的常见错误,教师在教学中合理地运用各种教学技巧来纠正学生的发音错误。英语语音教学中具体可操作的纠错方法是多种多样的,常用的有:多媒体图形演示法、模仿法、手势法、学习者录音法、近似发音对比练习法、语音听音辨音法、绕口令语音训练法及朗读和背诵法等。下面分别说明每种纠错方法。
1、多媒体图形演示法:伴随现代教学技术的广泛应用,教师将多媒体教学手段引入语音课堂, 例如:
/m/ /n/ / /
通过直观的演示图,学生能够看到/e/和/ /;/m/、/n/和/ /的不同之处。还可以使用计算机辅助发音训练系统,可以准确地定位说话者发音的错误所在。这是每个人可以在任何时间,在虚拟环境中提高自己语音水平的最好选择。目前,新疆中职学校的计算机系统还达不到这个要求。
2、模仿法:模仿是提高语音能力的基本方法,目的在于训练正确的语音、语调,提高流利程度,培养英语语感。学生模仿时要注意口型,口腔肌肉要充分调动起来,以正确模仿每个音素的发音方法, 并反复练习,达到熟练。中小学的英语语音以直接模仿法为语音模仿的主要手段,给学生提供一些语音素材,从音素到词汇,从句子到篇章,由浅入深地要求学生模仿单纯。中职学生是教师通过对所学语音某些特点的说明,让学生在语音理论的指导下自觉模仿。采用这种方法时,将汉语普通话中的发音原理与英语的发音原理进行比较,在比较中分析两种语言在发音方面的异同,从而使学生纠正、避免用汉语发音代替英语发音的错误习惯。
3、手势法:非常直观的看到近似语音的不同。
4、学习者录音法:利用录音机、MP3或者手机等设备,让学生的发音录制成录音材料,再与native speaker的朗读材料进行对比,找出学生发音的部位、程度的缺陷或错误的性质,及时纠正。教师可以要求学生上交录音作业,允许学生不断更新录制,以求最佳录音效果。这种方法较费时费力,所以应课内与课外相结合。
5、近似发音对比练习法:发音对比练习有利于教师进一步矫正学生的发音。例如:近似元音对比:bad和bed; feel和 fill; may和 key; coat和 group; 近似辅音对比:lead和 leader; soothe和smoothly ; father和 jazz;句子来区别:from morning till evening, Tom sings the same song again and again; I love every view of the Great Wall等。
6、语音听音辨音法:学生在改善自己读音时往往需要具有敏感的听力与感知力,对不同声音切分区形成正确判断,并最终实现通过辨音达到纠音的目的。教师罗列学生平时易发错的、辨识度弱的单词。每两个单词为一组,例如:heat和hit; bet和bat; see和 say; both和 so; is和this; son和song。学生先听,然后选出或写出自己所听到的单词。此练习的优势是充分体现了以学生为主体的学习方式,让学生从以往被动跟读的机械操练转变为现在的听读、纠辨,其主动性被充分调动起来,教学效果良好。
7、绕口令语音训练法: 绕口令常把容易混淆或念错的音放在一起,朗读时学生可以反复检查对比自己的口型使口腔习惯于该音的准确位置,提高发音器官的适应性。
例如:⑴Ann sent Andy ten hens and Andy sent Ann ten pens.
⑵She sells seashells by the seashore.
⑶Nothing is worth thousands of deaths.
⑷If two witches would watch two watches, which witch would watch which watch?
⑸A loyal warrior will rarely worry why we rule.
⑹Very well, very well, very well ...
8、朗读和背诵法:中职学生往往对朗读不太重视。事实上朗读背诵锻炼英语的发音,语调与节奏;使口腔各发音部位灵活,增进说英语时的流利程度;使耳朵增加听英语的机会,从而提高英语听力;充分应用读书四到:眼到,口到,耳到,心到,比默读时更能记住所读的教材。
英语语音是英语口语交际的基础,正确的英语语音有助于与别人更好地交流与沟通,因此,英语语音的教学非常重要。清楚了学生在语音方面易出现的问题,并刻意加以纠正,学好英语语音并不难。只有学好语音,才可以学会正确、流利的发音,才可以听懂别人的谈话和通过说来表情达意,进而促进读和写能力的提高,从而全面提高英语表达能力和综合素质。
参考文献
1、王桂珍 高等教育出版社, 2000.
2、李玉华“浅谈英语语音教学中常出现的几个问题及其处理方法” 聊城师范学院报1994年第3期
3、李云标“新势下英语语音教与学的问题与对策”中学生英语2012年第1、2期
生物信息学方法范文5
关键词:生物信息学 教材 分析
中图分类号:G4233文献标识码:A文章编号:1009-5349(2017)06-0019-02
近些年,生物信息学顺应时代变化而成为生命科学的新兴领域。[1]生物信息学主要是对核酸和蛋白质两个大方向的数据进行处理与分析。[2]目前,生物信息学作为基础课程在各高校生物科学专业及相关专业开设。其教学质量的高低对于培养学生的综合能力具有重要的意义。[3]因此,各高校在教材选择、课程安排、教学内容、实践教学等方面不断进行改进。[4]优秀的生物信息学教材是提高教学质量的基础。对不同的教材进行对比分析,从中选取适合相关专业的教材,是教师的必要工作。本文对五种生物信息学教材进行分析,为不同专业对于教材的选择提供参考和建议。
一、研究方法及教材简介
(一)文献研究法
笔者主要从以下三个方面进行文献检索。首先,搜索与生物信息学教材分析相关的著作。其次,利用中国知网、万方数据库等检索与教材分析相关的期刊论文。最后,借鉴优秀教师的教案,仔细阅读并进行分析。深入了解相关生物信息学教材分析的背景以便进行整理分析。
(二)对比研究法
本文主要选取了五种生物信息学教材,根据教材的基本框架结构及特点,对其进行对比分析,分析总结不同教材之间异同。
二、生物信息学教材分析
随着课程改革的不断完善,针对不同地区、不同专业,教材的使用也趋向多元化。生物信息学教材是教师进行教学活动的基础。对不同的生物信息学教材进行对比,以便教师作出最适合的选择。如表1所示,对五种教材从宏观角度进行内容上的分析。
如表1所示,从中可看出这五种教材从整体编写方面,都涵盖了核酸和蛋白质两个主要层面。主要内容包括:生物信息学的概念及发展历程、数据库的介绍、生物信息学常用统计方法、基因组学、蛋白质组学等几大方面。并且,大多数教材都附有思考题,有利于学生课后对知识进行运用及加深理解。只是随着生物信息学的飞速发展,不同版本的教材增添了新的相关的知识。同时不同教材的侧重点略有差异。
另一方面,从表1中可看出,五种教材所包含的章节为7到15章不等。这说明,随着科学技术的不断发展,更多的前沿知识不断地填充到教材中。所以,随着时间的变化,不同的教材,具有各自的特色。
首先,教材的侧重点不同。随着各物种的基因组计划的不断完成,生物信息学发展实现了质的飞跃。并且融入到各个领域中。例如:由李霞、雷建波编写的《生物信息学》,侧重介绍了生物信息学与疾病的相关联性。教材在内容和形式上有所创新。突出实用性,以临床实际问题作为编写出发点;而刘娟编写的《生物信息学》一书中,以丰富的实例,重点介绍了相关数据库和软件的功能、应用策略和使用方法。在章节编排上涉及微阵列数据分析的内容,突出了生物信息学与数学的融合。
其次,不同教材的难度存在差异性。陶士珩编写的《生物信息学》较基础,包含了生物信息学基本内容,力求使学生全面了解和掌握生物信息学领域的重要基础知识与基本操作技能。而陈铭编写的《生物信息学》,根据生物信息学多学科融合的特点,增添编程与统计学知识,教材所涉及的知识范围广泛。使得无论是对教师还是学生来讲,都要求具有深厚的学科背景。
最后,学科之间联系程度差异。生物信息学作为一项生物科学的工具,不仅仅应用于生物学,同时,在医学、农业专业、计算机科学等领域。[10]但不同教材所体现生物信息学与其他学科的联系程度不尽相同。例如:吴祖建编写的《生物信息学分析实践》一书,主要包含了数据库检索、引物设计、序列分析等诸多技术问题。书中以图表形式为主,文字介绍为辅,以让学生学会操作为主,将生物信息学与计算机科学紧密结合。
三、结语
生物信息学重要特点为学科交叉性,涉猎范围广。不同的生物信息学教材适用于不同专业。本文对五种教材进行对比分析,根据教材不同特色并结合不同专业特点,为教师选择适合的教材提出建议。陶士珩、刘娟编写的两版不同《生物信息学》,内容基础,适用农业专业和师范专业作为教学用书;李霞、雷健波编写的教材,主要突出了与医学相关联系,适用于医学专业用书;陈铭、吴祖建所编写教材,注重与计算机科学的关联,实践性强,有利于培养学生动手操作能力,适用于计算机专业。
参考文献:
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[7]吴祖建.生物信息学分析实践[M].北京:科学出版社,2010.
[8]陈铭.生物信息学(第二版)[M].北京:科学出版社,2015.
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[10]高亚梅,韩毅强.《生物信息学》本科教学初探[J].生物信息学,2007,5(1):46-48.
生物信息学方法范文6
关键词:生物信息学;教学机房;管理;维护
中图分类号:G647 文献标志码:A 文章编号:1674-9324(2013)43-0010-03
生物信息学是生命科学领域的一门新兴的具有活力的交叉前沿学科,它以互联网为媒介,蛋白质和核酸数据库为载体,综合利用高等数学、生物统计学相关知识,建立各种计算分子生物模型,以计算机为工具,进行生物信息学分析来理解海量分子数据中的生物学意义。生物信息学专业实践课程教学依托于计算机机房,学生利用计算机进行动手操作生物信息学软件和搜索数据库等获取实验数据。生物信息学教学机房与图书馆的多媒体机房相比,所需的计算机硬件设备要求配置较高,安装软件更具有专业性且种类繁多,需满足生物信息学教学的要求,因此教学机房的管理和维护工作是生物信息学教学的重要环节,特别是教学机房的服务对象为本科生,他们好奇心和动手能力强,但破坏性也强,如注册表被改动、系统软件或生物信息学软件遭删除,或非法安装聊天、游戏、股票软件等诸多问题将会严重影响课堂的教学效果。怎样才能做好生物信息学教学机房管理和维护,为教学提供一个和谐安全的环境,对提高课堂教学效果,减轻任课教师的工作强度,都有着十分重要的意义。
一、机房使用管理规章制度制定的必要性
能否做好机房管理和维护直接关系到计算机的使用寿命和机房运行费用,甚至会影响到教学效果。制定一套合理规范的教学机房管理与使用规章制度,营造一个良好的实验操作环境,明确教学机房教辅人员、任课教师、学生的职责是生物信息学教学机房管理的一项重要内容。为确保生物信息学教学机房的日常正常运行,教辅人员不仅要会维护计算机等多媒体教学设备,还要会安装生物信息学软件和工具,要有很强的责任心和技术能力来面对每天的机房管理维护工作。计算机故障是多种多样的,教辅人员要不断地提高自身技术水平,发生故障时要能够做到及时排除,确保及时地为下一节课提供服务。硬件安全上要做好防止计算机病毒的工作,注意定期查杀病毒,软件使用上要及时更新生物信息学应用软件的最新版本。因此机房教辅人员不仅要经常关注计算机科技的更新,还要关注各种生物信息学软件、算法和数据库的更新,并要在实验平台进行测试,保障软件的稳定性并确定软件更新后所需的计算机资源等,以保障生物信息学教学的正常进行。任课教师应正确使用生物信息学机房设备和监督学生正确使用计算机设备。机房的软硬件保护得再好,也会有百密一疏的地方,如有学生恶意操作导致系统崩溃或器件受损将会严重影响教学。因此在生物信息学机房教学实践的基础上我们制定了《生物信息学教学机房管理制度》,进一步明确教辅人员、任课教师和学生的责任。对学生上机更应该严加管理,我们还制定了《学生上机守则》,规定相应的处罚条例,如严禁学生不经教师允许带个人软件上机或是擅自插拔电脑部件等等。
二、双操作系统和生物信息学软件的选择和设置
1.计算机双操作系统的设置。根据生物信息学专业课程教学的不同需求,计算机需要安装Windows和Linux两套操作系统。我们机房每台电脑的硬盘为500G,分为3个区,100G为Windows系统区,100G为Linux系统区,300G为学生数据盘。由于生物信息学实验课经常用计算机跑运算程序或搜索大量的数据库,而Windows7的操作系统本身的CPU资源消耗比较大[1],我们统一安装为WindowsXP系统。Linux系统采用开源免费、桌面环境优越的Ubuntu系统[2]。在系统程序盘除了安装计算机的操作系统,还安装了聚生网管软件、多媒体教学管理软件LanStar和生物信息学计算软件和工具。系统程序盘设置为只读盘;数据盘用来存储教学中做各类实验的数据,设置为可读可写模式。这样的划分方式和设置模式可以最大限度地对系统应用程序进行保护,也便于一旦计算机系统崩溃时利用网络克隆技术进行还原系统而不必担心覆盖学生的实验数据。
2.生物信息学专业软件的选择。生物信息学教学机房平日主要承担《生物信息学算法与实践》、《程序设计》、《计算机药物与蛋白质辅助设计》等近20门生物信息学专业理论和实践课。为了让生物信息学机房发挥最大作用,必须正确选择实用的系统软件降低系统消费资源,然后根据课程需要选择生物信息学专业应用软件。系统软件的安装包含数据保护功能软件如杀毒软件卡巴斯基和常用办公学习工具如微软的Office2007系统、Adobe阅读软件等,还安装了Photoshop、Isisdraw等图像和图形处理软件。生物信息学应用分析软件的安装我们分为三类,一类为开源免费软件,如Python、R、BioPerl等,一类为生物信息学商业软件,如药物设计软件MOE、软件Matlab和中药化学数据库TCMdb等,第三类是本校生物信息学科研课题组自主研发的软件,如MACS[3]。另外还必须安装配置好Window和Ubuntu扩展平台操作分析工具Crywin,利用Cygwin对常用的生物信息学数据分析软件如Sim4、Phred、EMBOSS、和ClustalW等进行重新编译计算[4]。
三、计算机系统和应用软件的快速安装
目前生物信息学本科生实验课使用的专业软件多达30多种,而且像python、R等软件和数据库经常更新版本,特色数据库的数据量爆炸式增长[5],生物信息学软件维护的任务量也非常大。利用快速有效的安装软件不但可以大大减少教辅人员的重复劳动的工作量,还可以及时保障教学课程软件的应用。
1.利用网络克隆技术快速批量安装。网络克隆技术是通过网络将一个磁盘的数据复制到另外的计算机的磁盘上,可以选择安装的分区、软件等。教学机房的电脑的系统和软件配置相似,采用数据保护卡中的网络对拷功能来安装新电脑和快速恢复故障计算机系统是非常有效的。利用网络对拷功能的前提是机房所有机器性能参数一致,以一台安装好操作系统和应用软件的计算机作为母机,通过局域网向其他各台子机拷贝进行批量安装。如果采购的计算机批次不同,就必须按照批次选择不同的母机进行分别批量安装。比如我们生物信息学机房采购机器的4种不同批次,安装和更新软件时就先选择4台不同批次的计算机作为母机装好,然后分4批次来进行网络对拷安装,安装好之后还需要进入管理员账号进行机器的重命名防止网络重名造成使用不便。如果不同批次的机器统一上传,计算机的驱动软件不一致会导致计算机批量故障,从而造成更大的工作量来修复计算机。
2.采用硬盘对拷安装。利用硬盘对拷技术是机房教辅人员常用的快速有效安装和恢复系统和软件的方法之一,必须要先拆卸一台安装好的硬盘接在需要安装和恢复的计算机上,设置好双硬盘的数据进行安装。在进行硬盘对拷时很容易犯的错误是搞不清楚哪个盘是源盘,哪个盘是目标盘,特别是两个盘大小分区等情况都一样时,就更不好区分了。我们常用的办法是将源盘设置成主盘并挂接在ide0上,将目标盘挂接在ide1口上,然后进入bios设置,将系统项的第一项设置成ide0启动,或者C盘启动。这样进入克隆之后,第一个盘为源盘,第二个为目标盘,这样就区分开了。
四、计算机系统和应用软件的维护方法
1.利用硬盘保护卡保护系统维护。采用硬盘保护卡来维护计算机机房普遍为高校计算机机房采用[6],生物信息学教学机房采购了联想的品牌机,厂商也为计算机配置了硬盘保护卡。即使部分采购计算机没有配置保护卡,也可以再安装外置保护卡,确保保护的型号保持一致。安装硬盘保护卡是为了保护计算机的操作系统和生物信息学专业应用软件,硬盘保护卡的安装和使用较为简单,使用前将保护卡插入计算机主机板的PCI插槽上,开机只须将要保护的分区进行相应的设置,它能保护计算机的系统分区不遭人为和计算机病毒的破坏,并短时间内迅速恢复系统。通过硬盘保护卡机房教辅人员维护机器非常方便和省心。当学生的计算机系统发生问题时,只要重新启动计算机,就能立刻恢复到原有的正常状态。硬盘保护卡的使用大大减少了教学机房维护的工作量,是教学机房维护的得力工具,但硬盘保护卡安装后也会导致新的问题[7],比如机器开机后发出长鸣声而显示器没有显示,就是保护卡接触不良造成的或者保护卡上有灰尘,需要将卡重新拔下擦拭干净后再重新安装一下才能解决问题。
2.利用Windows注册表系统维护。利用Windows注册表进行计算机的安全管理也是维护教学机房的一个重要方法,特别是针对不安装硬盘保护卡的教师专用计算机。除了一般的计算机管理如进行备份、恢复、设置注册表禁用功能等可通过注册表的设置来实现。在特殊维护系统安全上Windows注册表可以实现实时监控木马病毒[8],还可以在不受Windows系统的限制和木马等病毒的干扰下检测到从机器的内核到软件应用方面所有被隐藏和修改的注册表信息及其隐藏位置[9]。单台机器的windows注册表的维护安全性高,操作容易,无须网络畅通,由于教学机房的计算机数量多,可以在单台故障或断网的时候使用这个方法维护。
五、常见计算机故障的快速修复方法
生物信息学教学机房的教辅人员不仅要掌握计算机的系统数据的备份和恢复,还要对临时出现的突发性故障进行诊断和排除。其实很多的故障并不是硬件上的损坏,更多的是软件故障或使用不当造成的。下面总结了生物信息学教学机房的故障现象和排除方法。
1.黑屏故障。有的学生机在开机时显示器出现黑屏,无法进行操作。故障原因可能有几个,如果开机时听到机箱内部传出“长鸣声”,可能是硬件保护卡接触不良,如果是传出“嘟—嘟”的声音,可能是显卡与主板的接口松了,解决方法是打开机箱把显卡或者硬盘保护卡从主板插槽中拔出,再重新插入主板插槽里,注意要让卡与主板插槽间的接口紧密结合[10]。
2.蓝屏故障。有的学生机在开机时进入Windows系统后显示器出现蓝屏,计算机无法正常响应出现的屏幕返回信息。故障原因可能比较多,比如Windows因系统设置故障、软件故障、计算机硬件故障、驱动程序故障、网络故障等各种类型的故障产生了严重的错误,引起Windows无法继续维持正常运行,Windows出于避免用户数据丢失及损坏计算机的考虑,将自动停止运行并显示“蓝屏”错误信息。解决方法是可以进入安全模式进行检测,如果安全通过则系统没有问题。大部分原因是驱动程序和系统文件冲突造成的,将驱动软件卸载后重装就可以解决[11]。
3.网络故障。有的学生上机后无法联网,学生无法共享他人资源。造成的原因有以下几种:网线的接头松动或网卡与主板的接口不紧密,解决方法是插紧网线接口或把网卡重新拔插一次;计算机开机时显示网络重名导致网络不畅,可能是通过网络克隆系统没有对被克隆的机器进行机器重命名的设置,可以进入管理员模式重新配置后重新启动计算机解决。
六、机房环境的保养方法
生物信息学教学机房最重要的设备就是计算机,对计算机的精心保养无疑是教学环节中一项重要工作。首先保障教学机房处于干燥通风且防止阳光照射的环境,保障机房没有灰尘污染。若计算机的主板上的插卡与主板的接触处布满灰尘,容易接触不良导致黑屏故障,严重时开机烧坏板卡。若机箱电源内部布满灰尘,开机时内部器件容易发生短路而烧毁电源。为保证教学机房不受灰尘损坏,一般需做到一个月清洁一次计算机的外壳、键盘等外部设备和桌面,一个学期清除一次机箱内部的灰尘。解决方法是用吹风机的冷风吹去积灰机箱内的灰尘,再用毛刷轻轻掸去吹不掉的积灰。其次要保障机房环境的温度和湿度在合理的范围内,如果温度过高,机器长时间使用导致内部温度更高从而导致内部器件运行不稳导致死机,同样机房内的湿度过高或过低也会导致内部器件受潮而腐蚀,从而导致短路硬件受损计算机无法使用。因此机房内配有专用空调来保障机房的内温度和湿度,并要注意及时通风散热。
总之,生物信息学教学机房是伴随着新兴的生物信息学专业而建的专业教学实验室,还需要我们在实践中不断地探索、思考,不断地总结。只有这样,生物信息学机房教辅人员才能在教学机房的管理与维护中不断地提高能力,更好地为生物信息学教学服务。
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