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1．利于进一步加强医院对财政资金实行统一调度与管理
大大改变了传统的财政资金分散管理，避免出现多头开户的情况，这确保从根源上杜绝财政资金转移、截留、挪用、挤占。
2．利于加强财政资金监督与管理。
医院财政资金经过国库单一账户系统，废除了由财政划拨到主管部门，再由主管部门划拨到基层单位这一环节，减少了资金滞留时间，提高了资金支出的使用效率与安全性，有助于财政对资金的监管，防止腐败的发生。
3．加强了医院预算管理，彻底改变了重决算轻预算的局面。
大大开展国库集中支付制度之后，财政资金划归为按照人大审核之后的部门预算来编订用款方面的计划，然后经过财政部门获得批复之后，经由财政授权支付与财政直接支付两种方式，但医院开出的款项计划，应该按照医院部门来进行预算。
二、加强国库集中支付制度对医院财务管理的功能
1．根据财政国库管理制度方面的改革基本原则
采取国库集中支付并未改变医院的资金使用权限，也没有改变医院的会计核算与财务管理权限，与此同时，还规定了医院在整个财政资金集中支付的过程中应该承担的相关职责。根据医院的预算来对财政资金进行有效的使用，并且也做好相关的会计核算工作与财务管理方面的工作，还负责组织医院编订款项使用计划，开展招投标方面的工作等，按照财政授权支付的相关规定，签署相关的支付指令，并告知相关的银行进行资金支付。所有这些都是新给予医院的管理职责，这大大加强了会计人员基本的管理职责，医院财务管理任务加重。
2．需要将国库集中支付系统与财务预算进行统一管理。
在当前的某些医院的国库集中支付岗位并未和医院的财务预算管理有机结合，而是处在脱节关系中，对预算内容并不了解，对多项预算指标凭空使用，乱用指标额度来实行转账处理，这很容易导致预算与支出不一致的现象。导致这一状况的真正原因是信息实行不对称管理，并未真正注意到财务管理之间的一致性原则。因为岗位设置方面会出现预算编制人员和国库集中支付人员往往不是由同一个人来完成，而国库集中支付下财务预算执行需要经过国库集中支付系统来实现，假如没有将财务预算管理系统与国库集中支付系统进行统一起来的话，不管是预算工作还是财务管理方面的工作的精确性都会打一定的折扣。
3．国库集中支付更应该发挥其参与医院财务管理、会计核算方面的功能。
采用的国库集中支付系统不应独立于会计核算系统外，避免在处理同一类事务时，出现会计核算内容和额度指标采用上不一致的情况。所以，医院会计科目在设置上应该做到和国库集中支付系统相一致，会计核算指标控制和国库集中支付管理相一致，其建设目标是将国库集中支付系统和会计核算系统有机统一到一起，制造出实行国库集中支付与会计核算双功能的平台，真正达到实现国库集中支付的目的。
三、结语
总的来讲，采取将国库集中支付制度作为内容的财政体制方面的改革，彻底打破原有的财政资金管理的局面，是医院财政管理模式方面的创新，为了迎合医疗体制改革及绩效工资改革，作为财政差额拨款的医疗单位，更应该大力提升医疗单位财务管理水平，来更好的达到国库集中支付的要求。
作者：叶岸桢 单位：深圳市中医院