随着资本对媒体产业的渗透，加之国内媒体市场的不开放，使得期刊本身和期刊的主办/主管单位的关系变得越来越微妙和复杂。根据现有的规定，期刊社或编辑部均为出版单位。主办单位是指出版单位的上级领导部门。主办单位所办的期刊的专业分工范围与主办单位的业务范围应与主办单位的业务范围相一致。主办单位所办的期刊社的（编辑部）办公场所应与主办单位在同一行政区域。未经批准不得异地办刊。但仍有一些期刊社对期刊主办单位的规定等具体问题存有各种疑问。
1.期刊社根据工作需要而设置的社委会、编委会、管委会、理事会等机构，均是期刊社的内部管理机构，不能作为期刊的主办单位或主管单位。
2.主办单位与期刊社之间必须是领导与被领导的关系，而不能是挂靠与被挂靠的关系。期刊社的主要负责人应是主办单位所属的在职人员。即：主办单位对所办期刊社的监督和权限。以保证期刊的编辑、出版、印刷、发行工作正常进行。
3.期刊的主办单位应对期刊的创办、出版内容的把关、经营活动的监管、期刊主编的任务及期刊停办后的善后工作等承担直接的责任。具体有下列几项：依照国家有关规定为期刊社的设立提供必要的资金和设备，并创造其他必要条件，依法取得企业法人或事业单位法人资格。领导、监督期刊社遵照党的路线、方针、政策和国家有关出版方面的法律、法规以及办刊宗旨、专业范围，作好期刊出版的各项工作，审核批准期刊社的重要宣传，报道及重要稿件的发表决定期刊的发行与否。主办单位对期刊在内容方面发生的严重错误和其他重大问题承担直接领导责任。依照国家的有关规定，决定期刊社经营管理国有资产的责任制形式，遵循国家有关规定和责、权、利相统一的原则，保证期刊社的经营自主权，并对期刊社的各种经营活动切实担负监督职责，监督期刊社严格执行国家财政，税收和国有资产管理的法律、法规，定期进行审计，确保期刊社财产的保值。期刊社为实现社会效益目标而形成的政策性亏损，主办单位应与相应的补贴或其他方式的补偿。负责审核期刊社的内部机构的设置，考核并提出期刊社的主要负责人的任免建议，报请主管单位审核。承担期刊停办后的清算，人员安置及其他善后工作。主办单位负责向主管单位汇报期刊社的工作情况，并贯彻落实主管单位的有关决定和意见。国家规定和上级主管部门规定的其他职责。
4.主办单位各种原因，决定不在履行其职责时应及时上报主管单位和新闻出版行政管理部门。由主管单位在60天内决定期刊是否停办或另行指定新的主办单位。愈期未办的，由新闻出版行政部门对该刊注销登记。期刊社因严重亏损，无力清偿到期债务，主办单位又不代替清偿的，主管单位应决定其停办，由新闻出版行政管理部门对该刊注销登记，并依法进行清算。
