一、我国自然保护区开展生态旅游存在的主要问题
随着自然保护区生态旅游的开展，自然保护区的环境容量已经不堪重负，脆弱的生态系统也遭到致命的打击，自然环境受到了严重的污染。造成这种现状的原因是旅游业迅猛发展，加上缺乏规划和管理，国民生态意识较差。有的风景区出于经济目的，热衷建设，盲目扩张；生活污水增多，垃圾废渣、废物剧增。有的地方在风景名胜区邻近盖工厂、办企业，甚至在景区违法进行采煤、采矿生产，浓烟滚滚，污水横流；如较为典型的海南五指山部级自然保护区内非法开发建设小水电站案件，云南绿春黄连山部级自然保护区内非法建设水电站案件，内蒙古大青沟部级自然保护内非法建设空中索道和旱地滑道等旅游设施案件，河南黄河湿地部级自然保护区核心区内违法建设交通设施案件。
二、自然保护区发展生态旅游的解决对策和建议
1规划先行原则
根据相关法律法规和自然保护区各功能分区的特点和要求，依据资源类型、景观特色、环境条件，结合当地的历史文化、风土人情等编制生态旅游的总体规划，提出旅游发展战略、制定保护和开发利用及保护管理措施、确定接待容量等，经专家评审并提交规划管理行政主管部门，按法定程序审批实施，严格执行。拟建设的各类项目，均需经相应程序、组织相关单位和领域专家会审，有效防止建了拆、拆了建及其他公害的发生，保护生物多样性、保障生态良性循环。
2适度建设原则
坚持服从规划、高效利用的指导思想，建设规模与游人容量相适应，对自然保护区现有的管理设施、野外保护设施及原住民生产生活设施等进行改造与利用，旅游设施建设不能超出环境容许的限度，避免盲目性开发；要处理好旅游旺季与淡季的关系，在旺季游客过多时，要利用现有当地农民闲置的空地、房间开发农家体验游、疗养游、采摘游等，有组织地调动当地社会力量参与生态旅游，如欧洲几个旅游业较发达的国家，供旺季使用的“补充住处床位”比正规床数还多。这既是一种经济有效的办法，也是分享建立自然保护区给当地带来的红利。要建立、引导在区内旅游观光、区外娱乐消费的模式，使自然保护区青山依旧、绿水长流。
3统筹兼顾原则
统筹旅游开发、生态保护与区域经济协调发展，要切实加强生态环境保护，按照以保护促开发、以开发促保护的要求，促进生态建设产业化、旅游发展生态化，经济社会发展全面化，积极推行绿色环保的开发、经营和消费模式，发展资源节约型、环境友好型的新型旅游产业，建立生态环境与旅游开发的良性循环发展模式，实现旅游资源和生态环境的可持续开发利用；加快农村基础设施建设，大力开展美丽乡村建设，提升农村整体环境，保持乡土本色，突出田园特色，发展乡村旅游。坚持效率优先、兼顾公平原则，统筹协调旅游及相关行政管理部门的职能，理顺相关利益为相关者之间的关系，努力实现共同富裕、共同发展。
4和谐协调原则
保护区中各种服务设施，要依照明代计成《园冶》“相地”原理选址，这些建筑既要发挥眺览、休息的作用，又要能发挥借景、框景的作用，把不能到达的优美景色，组织到游览线路中来。因此要做到巧而得体、精而合宜，并巧妙地融合到周边环境中，既顺其自然，又不破坏原有风貌，以其有利的位置和独特的造型，为人们展现一幅幅或动或静的自然风景画，形成景深林重、曲径通幽的氛围，情因景生，景为情造，要效法自然，体现生态功能，应用优质乡土树种，营造与近自然环境，给其他物种有生息之地。